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标题: 在centos 7上方便简单地编译cp2k 2023.2版本的方法 [打印本页]

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Author: kkkil2 时间: 2023-12-28 14:44
标题: 在centos 7上方便简单地编译cp2k 2023.2版本的方法
本人使用的linux 系统是centos 7（Release: 7.9.2009）。通过使用gfortran编译器和cp2k软件包里的toolchain工具可以成功编译2023.2版本。
使用程序自动下载的配套编译软件和mpi (mpich)，编译出来的psmp运行效率和intel编译器基本相同，差异在1%以内。
而且更稳定。我在centos 8下用ifort编译的2023.2版本，有时算优化结构会卡住，偶尔算单点也会卡。
用以下1到6步骤编译的程序计算同样的体系，测试了下，都没发生卡住的现象。

先把步骤贴出来：
0）linux环境先清干净，不要使用conda以及intel的编译环境。
1）下载cp2k.2023.2版本，解压缩，cd 到解开后的目录下, 建一个新的目录： mkdir ./tools/toolchain/build
2)  将安装过程中需要的软件下载到./tools/toolchain/build。这里需要28个软件。如果网络比较快，也可以略过这个步骤,程序会自动下载。
3)  执行命令：
./install_cp2k_toolchain.sh --install-all
4)  第三步正常结束，会有提示，按照提示执行：
source /解压缩的目录/tools/toolchain/install/setup
5)  查看arch目录下的配置文件，我选择Linux-gnu-x86_64.psmp，因此执行
make ARCH=Linux-gnu-x86_64 VERSION="psmp"
6)  第5步安装正常结束，需要检查是否正确，运行命令：
make -j 64 ARCH=Linux-gnu-x86_64 VERSION=psmp test
一般不会出现错误，4605个测试文件，顶多一两个warning或error,可看下是什么原因，一般可以忽略。但是这一步不能略去，以保证程序的可靠性。

这里说下第2步需要的28个软件。对比centos 8,
centos 7版本要多5个文件：pexsi_v1.2.0.tar.gz，QUIP-0.9.10.tar.gz，scotch_6.0.0.tar.gz，superlu_dist_6.1.0.tar.gz
如果机器上有CUDA显卡，还会多一个大文件：libtorch-cxx11-abi-shared-with-deps-1.12.1+cpu.zip。
其他26个文件是：
gcc-13.1.0.tar.gz， mpich-4.0.3.tar.gz, cmake-3.26.3-linux-x86_64.sh,COSMA-v2.6.6.tar.gz,COSTA-v2.2.2.tar.gz,elpa-2022.11.001.tar.gz
fftw-3.3.10.tar.gz, gsl-2.7.tar.gz,hdf5-1.12.0.tar.bz2,libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5.tgz,libvdwxc-0.4.0.tar.gz,libvori-220621.tar.gz,
libxc-6.2.2.tar.gz,libxsmm-1.17.tar.gz,OpenBLAS-0.3.23.tar.gz,plumed-src-2.8.2.tgz,scalapack-2.2.1.tgz,SIRIUS-7.4.3.tar.gz,SpFFT-1.0.6.tar.gz
spglib-1.16.2.tar.gz,SpLA-1.5.5.tar.gz,Tiled-MM-v2.2.tar.gz

在centos 7上不要试图用intel的编译器来编译2023.2，至少我试过十几种组合，都没成功过。有时编译通过，但测试时会产生大量不通过的的情况，无法使用。

这种方法安装的包比较全面，含有：
omp libint fftw3 libxc pexsi elpa parallel scalapack cosma quip xsmm max_contr=4 plumed2 has_ieee_exceptions spglib sirius libvori libbqb libvdwxc

运行程序同样需要设置编译时用的环境，如下：
source /解压缩的目录/tools/toolchain/install/setup
export OMP_NUM_THREADS=1
mpirun -np 64 /解压缩的目录/exe/Linux-gnu-x86_64/cp2k.psmp -i opt.inp >opt.out

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