计算化学公社

标题: 用Multiwfn懒人教程，高斯部分一直在报错 [打印本页]

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Author: zhijiu 时间: 2023-12-28 19:24
标题: 用Multiwfn懒人教程，高斯部分一直在报错
老师，您好，因为我不是做量化方面的，对这方面基本一窍不通。我想用Multiwfn算DNA分子的RESP拟合电荷，按照教程安装完高斯和Multiwfn，运行“./Resp.sh DNA.pdb -38 1 water”,一直在报错，我粗略看了一下，好像是高斯部分一直没办法运行，请问怎么解决

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-12-28 19:43
是你的Gaussian版本太低了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-28 20:57
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

此文明确说了

注意Gaussian09 D.01版本之前不支持DFT-D3校正，因此用老版本者应当把脚本里em=GD3BJ关键词取消，相关信息看《DFT-D色散校正的使用》（http://sobereva.com/210）。

作者
Author: zhijiu 时间: 2023-12-28 22:11

sobereva 发表于 2023-12-28 20:57
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的，谢谢老师，我把脚本改正后，报了别的错，“Atomic number out of range in def2SV”，这是什么原因？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-29 04:15

zhijiu 发表于 2023-12-28 22:11
好的，谢谢老师，我把脚本改正后，报了别的错，“Atomic number out of range in def2SV”，这是什么原因 ...

你的体系里真的有Ho元素？
如果你的pdb文件里不含元素信息，Multiwfn会根据原子名自动猜元素，很可能猜不对，诸如HO可能本身是氢的原子名，但Multiwfn以为是Ho

作者
Author: zhijiu 时间: 2023-12-29 16:35
本帖最后由 zhijiu 于 2023-12-29 18:07 编辑

sobereva 发表于 2023-12-29 04:15
你的体系里真的有Ho元素？
如果你的pdb文件里不含元素信息，Multiwfn会根据原子名自动猜元素，很可能猜 ...

好的，谢谢老师。还有一个问题，就是我输入的结构电荷总数是-0.0631，我命令行输入的时候，程序没办法运行，电荷只能输入整数吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-30 05:36

zhijiu 发表于 2023-12-29 16:35
好的，谢谢老师。还有一个问题，就是我输入的结构电荷总数是-0.0631，我命令行输入的时候，程序没办法运 ...

说清楚什么命令、往哪里输入、什么程序，完全不知道你说的是什么情况。提问时主动把问题交代完整，仔细看此文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: zhijiu 时间: 2023-12-30 09:40

sobereva 发表于 2023-12-30 05:36
说清楚什么命令、往哪里输入、什么程序，完全不知道你说的是什么情况。提问时主动把问题交代完整，仔细看 ...

好的，老师，就是我用Multiwfn懒人教程运行时，输入“./Resp.sh 1.pdb -0.0638 1 water”没办法运行程序，但是如果我把电荷数改成-1，是可以正常运行的。我是想问，这个程序没办法算非整数电荷的分子基团的RESP吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-30 10:53
Gaussian根本没法计算净电荷不为整数的情况，这是基本常识

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