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标题: 学习sobtop生成SiO2拓扑文件，em报错 [打印本页]

作者
Author: wangs 时间: 2023-12-28 22:07
标题: 学习sobtop生成SiO2拓扑文件，em报错
本帖最后由 wangs 于 2023-12-28 23:48 编辑

各位老师好，我将sobtop examples中的SiO2_3x3x3.pdb扩成10*10*1的超胞后，拓扑文件就是sobtop中提供的拓扑，进行能量最小化后报错，并且二氧化硅的结构散掉，想问下各位老师，是哪里出问题了，
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下面是我模拟的相关文件 (, 下载次数 Times of downloads: 20)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-29 04:49
哪能这么算
你当前相当于算了100个SiO2_3x3x3团簇，明显无意义
应当先扩胞成你要的尺寸，再按照sobtop例子说的产生整个体系的拓扑文件

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