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标题: CP2K的QM/MM跑纯水盒子任务无报错died [打印本页]
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Author: 函数与激情    时间: 2023-12-30 16:46
标题: CP2K的QM/MM跑纯水盒子任务无报错died
本帖最后由 函数与激情 于 2023-12-30 16:47 编辑

尝试用CP2K的QM/MM方法去跑一个纯水盒子，诡异的现象是任务死掉后而没有任何报错，Log文件中只打印到一些CP2K的安装、版本信息后就戛然而止了。。

之前也尝试过CP2K的QM/MM模拟做些复杂体系，但是从没有遇到过这种情况，输入应该没有问题，也尝试了不同版本的安装版本，均是如此，请问有了解这是咋回事的吗？

  1. DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMM
  2. DBCSR| Multrec recursion limit                                              512
  3. DBCSR| Multiplication stack size                                           1000
  4. DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED
  5. DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1   
  6. DBCSR| Use multiplication densification                                       T   
  7. DBCSR| Multiplication size stacks                                             3   
  8. DBCSR| Use memory pool for CPU allocation                                     F   
  9. DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE
  10. DBCSR| Use MPI memory allocation                                              F   
  11. DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F   
  12. DBCSR| Use Communication thread                                               T   
  13. DBCSR| Communication thread load                                             87  
  14. DBCSR| MPI: My node id                                                        0   
  15. DBCSR| MPI: Number of nodes                                                   1   
  16. DBCSR| OMP: Current number of threads                                         1   
  17. DBCSR| OMP: Max number of threads                                             1   
  18. DBCSR| Split modifier for TAS multiplication algorithm                  1.0E+00


  21.   **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2023-12-30 16:32:40.673
  22. ***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                                 node2
  23. **    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                                  user
  24. ***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                133482
  25.   **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN           /share/home/user/work//qmmm

  27. CP2K| version string:                                          CP2K version 9.1
  28. CP2K| source code revision number:                                  git:d8d7100
  29. CP2K| cp2kflags: omp libint fftw3 libxc pexsi elpa parallel mpi3 scalapack cosm
  30. CP2K|            a quip xsmm plumed2 spglib mkl sirius libvori libbqb
  31. CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
  32. CP2K| Program compiled at                          Wed May 17 18:52:52 CST 2023
  33. CP2K| Program compiled on                                                   mgr
  34. CP2K| Program compiled for                                                local
  35. CP2K| Data directory path                       /share/apps/cp2k-9.1-mpich/data
  36. CP2K| Input file name                                                    md.inp
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slurm中显示是一些看不懂的信息
  1. Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.

  3. Backtrace for this error:
  4. #0  0x2acf898cf3ff in ???
  5. #1  0x2d1d995 in __cp_units_MOD_cp_unit_to_cp2k1
  6.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/common/cp_units.F:1125
  7. #2  0x2d209cd in __cp_units_MOD_cp_unit_to_cp2k
  8.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/common/cp_units.F:1196
  9. #3  0x18de03c in __force_fields_ext_MOD_read_force_field_amber
  10.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/force_fields_ext.F:768
  11. #4  0x18bdd34 in __force_fields_MOD_force_field_control
  12.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/force_fields.F:161
  13. #5  0x1888cc3 in __fist_environment_MOD_fist_init
  14.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/fist_environment.F:179
  15. #6  0x10b3a7f in __qmmm_create_MOD_qmmm_env_create
  16.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/qmmm_create.F:237
  17. #7  0xe13c7a in __f77_interface_MOD_create_force_env
  18.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/f77_interface.F:802
  19. #8  0x85b449 in cp2k_run
  20.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k_runs.F:309
  21. #9  0x85f731 in __cp2k_runs_MOD_run_input
  22.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k_runs.F:991
  23. #10  0x859efd in cp2k
  24.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k.F:387
  25. #11  0x516ddc in main
  26.         at /share/apps/cp2k-9.1-mpich/src/start/cp2k.F:44

  28. ===================================================================================
  29. =   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
  30. =   PID 133482 RUNNING AT node2
  31. =   EXIT CODE: 139
  32. =   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
  33. =   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
  34. ===================================================================================
  35. YOUR APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)
  36. This typically refers to a problem with your application.
  37. Please see the FAQ page for debugging suggestions
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作者
Author: 十分慌张的小张    时间: 2024-4-17 11:40
老师您好，请问你的问题解决了吗？



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