计算化学公社

标题: 使用ORCA+Multiwfn懒人包计算RESP电荷遇到得问题 [打印本页]

作者
Author: tianfu1899 时间: 2023-12-31 00:16
标题: 使用ORCA+Multiwfn懒人包计算RESP电荷遇到得问题
本帖最后由 tianfu1899 于 2023-12-31 01:17 编辑

各位老师好，学生用ORCA+Multiwfn懒人包计算RESP电荷时，用examples文件夹里面的提供的分子计算时没有出现问题，但是用自己画得小分子进行计算时就出现以下问题 “tf@tf-MS-7D31:~/test$ ./RESP_ORCA.sh Z.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
Running optimization task via ORCA...
[tf-MS-7D31:02508] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[tf-MS-7D31:02508] *** reported by process [730005505,1]
[tf-MS-7D31:02508] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[tf-MS-7D31:02508] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[tf-MS-7D31:02508] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[tf-MS-7D31:02508] *** and potentially your MPI job)
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[tf-MS-7D31:02503] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run“请问这种情况该如何解决？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-31 00:38
上传你的mol2文件

作者
Author: tianfu1899 时间: 2023-12-31 00:41

sobereva 发表于 2023-12-31 00:38
上传你的mol2文件

好的sob老师，mol2已上传，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-12-31 09:16
说明运行环境，多少核多少物理内存量

作者
Author: tianfu1899 时间: 2023-12-31 12:16
本帖最后由 tianfu1899 于 2024-1-1 02:07 编辑

sobereva 发表于 2023-12-31 09:16
说明运行环境，多少核多少物理内存量

sob老师，运行环境是4核，2G内存.
老师，我又运行了examples里面的CH3CONH2.fch和biphenyl.fch, CH3CONH2.fch顺利通过，但是biphenyl.fch出现了一样的问题。但是，我把核设置成1过后，两个都可以计算了，请问一下，这是什么原因造成的？谢谢，

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-1 03:38

tianfu1899 发表于 2023-12-31 12:16
sob老师，运行环境是4核，2G内存.
老师，我又运行了examples里面的CH3CONH2.fch和biphenyl.fch, CH3CON ...

2GB物理内存太小，核数乘以输入文件里的maxcore（单位是MB）必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前的计算资源对于这么大体系做优化太慢

作者
Author: tianfu1899 时间: 2024-1-1 03:52

sobereva 发表于 2024-1-1 03:38
2GB物理内存太小，核数乘以输入文件里的maxcore（单位是MB）必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前 ...

谢谢，老师

作者
Author: tianfu1899 时间: 2024-1-2 01:46

sobereva 发表于 2024-1-1 03:38
2GB物理内存太小，核数乘以输入文件里的maxcore（单位是MB）必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前 ...

谢谢老师，麻烦再问一下，就是得到的chg文件的坐标和原始的mol2文件的坐标有出入，这是正常的吗？是不是优化带来的改变？可以直接把chg文件的中的电荷直接写入原始mol2文件吗？还是要连同坐标一起写入？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-2 03:58

tianfu1899 发表于 2024-1-2 01:46
谢谢老师，麻烦再问一下，就是得到的chg文件的坐标和原始的mol2文件的坐标有出入，这是正常的吗？是不是 ...

chg文件里的坐标是脚本调用ORCA优化完的，自然不同
无所谓
如果你的目的是用sobtop创建拓扑文件，sobtop只看连接关系，不看坐标

作者
Author: tianfu1899 时间: 2024-1-2 07:25

sobereva 发表于 2024-1-2 03:58
chg文件里的坐标是脚本调用ORCA优化完的，自然不同
无所谓
如果你的目的是用sobtop创建拓扑文件，sobto ...

明白了，谢谢老师

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