计算化学公社

标题: 结合能计算时结合体建模的问题？ [打印本页]

作者
Author: yuela 时间: 2023-12-31 22:18
标题: 结合能计算时结合体建模的问题？
结合体在建模时，已经优化好的单分子结构可以变吗？应用b3lyp/6-31g(d,p)优化结合体

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-1 03:46
柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结构优化往往是无意义的事

别试图B3LYP不带色散校正优化弱相互作用复合物，这年几乎一定挨批
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

作者
Author: yuela 时间: 2024-1-1 16:10

sobereva 发表于 2024-1-1 03:46
柔性分子之间形成复合物的时候分子的构象经常发生显著变化。这也是为什么优化复合物结构之前先对单分子做结 ...

谢谢老师，可以问下如何判断是柔性分子？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-2 03:57

yuela 发表于 2024-1-1 16:10
谢谢老师，可以问下如何判断是柔性分子？

有容易旋转的键就算

作者
Author: yuela 时间: 2024-1-3 14:59

sobereva 发表于 2024-1-2 03:57
有容易旋转的键就算

那老师再算这种结合能时，需要把结合体优化好的结构单个分子分开再算能量吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 10:33

yuela 发表于 2024-1-3 14:59
那老师再算这种结合能时，需要把结合体优化好的结构单个分子分开再算能量吗？

每个分子单独优化然后算高精度单点

作者
Author: yuela 时间: 2024-1-5 14:48

sobereva 发表于 2024-1-4 10:33
每个分子单独优化然后算高精度单点

好的谢谢老师！

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-17 21:59
本帖最后由 yzh 于 2025-3-18 10:43 编辑

sobereva 发表于 2024-1-4 10:33
每个分子单独优化然后算高精度单点

sober老师，请教一下，是否先分别优化一下A分子和B分子的几何结构B3LYP-D3/6-31G*，然后通过molclus搜索A+B的复合体团簇结构，接着对A+B团聚结构进行结构/频率优化得到A-B复合物B3LYP-D3/6-31G*，最后在高精度下，对优化后的A-B复合物例如CCSD（T），A-B复合物中的A，A-B复合物中的B分别做单点计算得到电子能E(A-B)，E(A),E(B)。最后，A-B的结合能就是E(A-B)-E(A)-E(B)？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-3-18 05:08

yzh 发表于 2025-3-17 21:59
sober老师，请教一下，是否先分别优化一下A分子和B分子的几何结构B3LYP-D3/6-31G*，然后通过molclus搜索A ...

事先优化单分子结构通常没意义
分清楚CCSD(T)和CCSDT，认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

以及看下文，该说的都说了
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

作者
Author: yzh 时间: 2025-3-18 10:43
本帖最后由 yzh 于 2025-3-18 12:16 编辑

sobereva 发表于 2025-3-18 05:08
事先优化单分子结构通常没意义
分清楚CCSD(T)和CCSDT，认真看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

非常感谢老师解答，我已经修改了。感谢老师的耐心解释，我需要计算的是弱相互作用，因此参考文献用的△Ebind就可以。

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