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标题: 计算离子穿过单层COF膜的PMF出错 [打印本页]

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Author: lucky1999 时间: 2024-1-2 16:06
标题: 计算离子穿过单层COF膜的PMF出错
各位老师，我计算锂离子穿过单层COF膜的PMF，反应坐标选取的是锂离子(示意图中的红色粒子)到虚拟点(示意图中的黄色粒子)之间的距离。在每一个窗口中锂离子距离虚拟点的距离通过shell脚本自动替换mdp文件中pull-coord1-init后的值实现，力常数为1000 kJ/mol/nm2，每个窗口的间距是0.1 nm。整个模拟过程分为以下两个步骤：首先是平衡相(对应eq.mdp文件)过程，然后是产生相(对应prod.mdp文件)过程。PMF数据来自产生相过程，利用gmx中wham命令计算。计算的命令为gmx wham -it tpr.dat -if pullf.dat -bins 200 -bsres -nBootstrap 100 -unit kJ。按照我的理解，PMF曲线应该是左右对称的，但是实际计算出来的PMF曲线却不是这样的。不知道哪儿出了问题，麻烦各位老师帮我看看哪儿出了问题。以下是相关的文件。谢谢各位老师。

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Author: nanoZLCH 时间: 2024-1-18 11:22
请问解决了吗？我也有类似的问题

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Author: lucky1999 时间: 2024-1-18 19:18

nanoZLCH 发表于 2024-1-18 11:22
请问解决了吗？我也有类似的问题

我后面又把计算的细节检查了一遍，发现我把锂离子xyz方向上都施加了位置限制

，应该只在xy方向上施加位置限制(因为离子是沿着z轴穿越COF)。当我把z轴上的位置限制关掉后，离子在靠近COF附近PMF有一个峰，但是曲线的波动性比较大。

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