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标题: 请教nafion，水和水合氢离子的混合体系能量最小化报错的问题 [打印本页]

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2024-1-3 16:10
标题: 请教nafion，水和水合氢离子的混合体系能量最小化报错的问题
各位老师好，我想做一个nafion，水和水合氢离子的混合体系跑gromacs，水合氢离子的itp是我自己写的，然后能量最小化的时候就出现了很多问题，如图所示，感觉是自己水合氢离子力场文件没有写好，已经改了很多次了，请各位老师帮我看看

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2024-1-3 16:10
这是报错的截图，其实没有报错，但是无法生成gro文件

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2024-1-3 16:13
之后报错的时候看论坛，把h30 atomtype.itp的atomtype 加到了ffnobond.itp里

作者
Author: 打豆豆的灰鸭 时间: 2024-1-3 19:21
你这个电荷没中和不影响模拟结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 09:52

巴普洛夫的狗发表于 2024-1-3 16:13
之后报错的时候看论坛，把h30 atomtype.itp的atomtype 加到了ffnobond.itp里

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-4 09:53
净电荷都差不多100了，明显离谱
现实当中这种体系都库仑爆炸了

而且截图里根本没体现运行mdrun

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2024-1-4 13:16

sobereva 发表于 2024-1-4 09:53
净电荷都差不多100了，明显离谱
现实当中这种体系都库仑爆炸了

老师，请问这个该怎么办呢，我加了100个水合氢离子，又加了一百个nafion，nafion里自带了磺酸基，按道理说应该成电中性啊

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-5 10:17

巴普洛夫的狗发表于 2024-1-4 13:16
老师，请问这个该怎么办呢，我加了100个水合氢离子，又加了一百个nafion，nafion里自带了磺酸基，按道理 ...

检查质子化态、原子电荷

作者
Author: lrl 时间: 2024-12-25 22:30
楼主你好，请问您用的是什么力场？我在找CHARMM力场下水合氢离子的参数，不知道您的这个可不可以用

作者
Author: 巴普洛夫的狗 时间: 2025-9-3 10:35

lrl 发表于 2024-12-25 22:30
楼主你好，请问您用的是什么力场？我在找CHARMM力场下水合氢离子的参数，不知道您的这个可不可以用

是sobtop生成的gaff力场

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