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标题: Amber中如何加入非水溶剂 [打印本页]

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-13 16:54
标题: Amber中如何加入非水溶剂
在Amber进行模拟时，如何加入显式非水溶剂做环境？如果用Amber不容易实现，用其他软件、或用隐式模型也可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-13 18:09
solvatebox命令不仅可以加水，也可以加别的分子，被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调用了

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-10-13 18:17

sobereva 发表于 2016-10-13 18:09
solvatebox命令不仅可以加水，也可以加别的分子，被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调 ...

谢谢Sob！照此找到相关资料了，学习一下~~

作者
Author: heroooo 时间: 2016-11-19 03:51
请问是不是要保存成.off文件？
还有这个unit是单独一个分子，还是用packmol做成的分子盒子呢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-19 12:07

heroooo 发表于 2016-11-19 03:51
请问是不是要保存成.off文件？
还有这个unit是单独一个分子，还是用packmol做成的分子盒子呢

单独的溶剂分子
不知道和off有何联系

作者
Author: heroooo 时间: 2016-11-22 05:46

sobereva 发表于 2016-11-19 12:07
单独的溶剂分子
不知道和off有何联系

谢谢！

看了几个贴子，好多都是packmol做个盒子，然后跑下MD优化盒子。然后把这个优化过的盒子用来solvatebox其他PDB文件。这个链接用的是XX.off 文件。http://www.ub.edu/cbdd/?q=content/organic-solvent-boxes

是不是建非水溶剂盒子有两种方式，一种如水，乙醇等简单纯溶剂，就用保存的unit就可以。另一种是混合溶剂盒子醇水混合物，或者像离子液体，本身结构需要优化，就用packmol＋优化，保存。进一步用来做其他溶质的盒子。

作者
Author: stecue 时间: 2016-11-22 06:28
混合溶剂的话，直接用 solvateOct 似乎没法加入两种分子。所以只能先把多个“混合好”的溶剂分子作为一个“对象(object)”用于 solvateOct 的溶剂化呗。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-11-22 08:10

heroooo 发表于 2016-11-22 05:46
谢谢！

看了几个贴子，好多都是packmol做个盒子，然后跑下MD优化盒子。然后把这个优化过的盒子用来sol ...

是
你也可以直接就把溶质+多种溶剂分子用packmol建立盒子

作者
Author: DSL 时间: 2017-2-28 21:36
请问您是如何给溶质加混合溶剂的？可否分享一下？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-3-1 06:11

DSL 发表于 2017-2-28 21:36
请问您是如何给溶质加混合溶剂的？可否分享一下？

用packmol极为容易

作者
Author: DSL 时间: 2017-3-1 09:03
好的，谢谢，我再学习一下

作者
Author: 孟依然 时间: 2017-4-22 14:51
AMBER14中有甲醇、氯仿、N-甲基乙酰胺、尿素这几种溶剂盒子，可以直接用。

作者
Author: caroline 时间: 2020-11-9 17:17

sobereva 发表于 2016-10-13 18:09
solvatebox命令不仅可以加水，也可以加别的分子，被加入的溶剂分子只要已经载入leap里作为unit出现就可以调 ...

请问老师，那我如何使溶剂分子可以作为unit出现呢？

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