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标题: 请教CP2K进行AIMD时如何在轨迹文件中显示盒子的问题 [打印本页]

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Author: 白皛白 时间: 2024-1-4 21:37
标题: 请教CP2K进行AIMD时如何在轨迹文件中显示盒子的问题
   老师们好，我最近在学习使用CP2K的metadynamics，最近用一个体系test了一下。体系的初猜如图，我采用的CV有两个，一个是O原子之间的距离，另一个是O与石墨上吸附的H的距离。CV与时间的关系如图所示，其中红色代表的CV是O与H原子之间的距离，黑色表示O与O之间的距离。发现在6ps的时候O-OH发生了解离，OH夺取了石墨上的H生成了H2O。而这之后生成的水越飞越远，停止模拟时的末态如图，按理说代表O与O距离的CV值会越来越大，然而在6.5ps的时候该CV却急剧减小了。后来我把.restart文件生成的.cif放到VESTA中才发现，原来是因为周期性结构，实际上这个水分子是和*-O上的O结合了。这让我想到之前看到的一篇用CP2K进行AIMD的文章Acceleration vs Accuracy: Influence of Basis Set Quality on the Mechanism and Dynamics Predicted by Ab Initio Molecular Dynamics | The Journal of Physical Chemistry C (acs.org)，其提供的轨迹文件的视频显示小分子从盒子的下边缘飞出后，会出现在盒子的上边缘。
      对此我有两个问题：
      1，如何让盒子出现在AIMD的轨迹文件中呢？
      2，怎样才能做到这个文献中的效果呢？
      感谢您的阅读，望各位老师能不吝赐教，谢谢。

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