计算化学公社

标题: 求助，更改残基名是否影响结果 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2024-1-6 12:10
标题: 求助，更改残基名是否影响结果
本帖最后由非好汉于 2024-1-6 12:44 编辑

大佬们，想问一下，我用ligpargen生成了opls力场下的乙酸和戊二醛的拓扑文件，在使用时，由于残基名都是UNK，为方便使用，我将残基名（itp和pdb中）都改成了乙酸和戊二醛的拼音简写，请问这影响模拟结果吗?
(, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 8) (, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-1-6 13:29
残基名就是个代号，你前后一致就可以吧

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 18:24
只要你不用pdb2gmx，残基名就无所谓。结构文件和拓扑文件里的残基名不同的时候会自动用后者的

作者
Author: 非好汉 时间: 2024-1-6 21:31

wanzongliang 发表于 2024-1-6 13:29
残基名就是个代号，你前后一致就可以吧

好的，谢谢大佬

作者
Author: 非好汉 时间: 2024-1-6 21:32

sobereva 发表于 2024-1-6 18:24
只要你不用pdb2gmx，残基名就无所谓。结构文件和拓扑文件里的残基名不同的时候会自动用后者的

好的，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)