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标题: GROMACS跑完蛋白质配体复合物Rg增大 [打印本页]

作者
Author: 任佛儿A 时间: 2024-1-6 15:18
标题: GROMACS跑完蛋白质配体复合物Rg增大
想请问一下各位老师和大神：黑色是游离的蛋白，蓝色是蛋白和配体的复合物，复合物的RMSD与Rg均在增大，这个现象有比较合理的解释吗，另外这个RMSD需要续跑吗？
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作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 18:33
解释RMSD变化这种问题一律结合轨迹去分析，看轨迹动画、绘制轨迹多帧叠加图等。光看这曲线谁也说不准

作者
Author: Huschein 时间: 2024-1-6 18:43
结合之后变大是吧，考虑一下变构效应吧

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