计算化学公社

标题: TIP5P水模型异常汽化bug [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-1-6 15:19
标题: TIP5P水模型异常汽化bug
本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-3-30 15:10 编辑

如题，TIP5P水模型，在体系尺寸超过5万水分子时开始出现汽化：
所用的tip5p模型来自amber99sb.ff, gromacs版本为2021.7.GPU和2023.4.GPU，估计至今没有修复这个bug

测试10万水分子的tip4p/ice水模型体系, 未观察到汽化现象；

模拟参数及结果大致如下
T=273K, P=1 bar, 模拟时间1ns, 步长2fs,  0.9 nm cut-off (与原文一致), 控温控压各种参数排列组合都测试过
分子数:             10000 50000-100000 （该体系在lammps中模拟结果正常，说明不是tip5p水模型的问题）
密度(kg/m^3)： 1          汽化

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-3-30 15:05
本帖最后由 Lacrimosa 于 2024-3-30 15:08 编辑

这个bug已经反馈到gromacs论坛了，目前还在等待回复。
希望有条件的大佬能帮忙在旧版本的gromacs上测试一下，交流一下结果，在此先谢过了
top和mdp文件如下：
#-----top----------
Include forcefield parameters
#include “amber99sb.ff/forcefield.itp”
#include “amber99sb.ff/tip5p.itp”

[ system ]
; Name
ICE in water

[ molecules ]
; Compound #mols
SOL 110310
#--------------------

#----mdp--------
constraints = hbonds
constraint_algorithm = LINCS
integrator = md
dt = 0.002 ; ps !
nsteps = 5000000 ;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog = 5000
nstenergy = 500
nstxtcout = 500
nstlist = 10
cutoff-scheme = verlet
ns_type = grid
coulombtype = PME
rlist = 0.9
rcoulomb = 0.9
rvdw = 0.9
pbc = xyz
optimize_fft = yes
nstcomm = 100
comm-grps = System
tcoupl = V-rescale
tc-grps = system
tau_t = 1
ref_t=273
energygrps = system
Pcoupl = C-rescale
Pcoupltype = isotropic
tau_p = 2
compressibility = 4.5e-5
ref_p=1
gen_vel = yes
gen_temp=273
gen_seed = -1
dispcorr =Enerpres
#------------------------------------

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2024-4-1 09:57

Lacrimosa 发表于 2024-3-30 15:05
这个bug已经反馈到gromacs论坛了，目前还在等待回复。
希望有条件的大佬能帮忙在旧版本的gromacs上测试一 ...

2018.8版本是正常的

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)