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标题: GROMACS重复模拟蛋白+金属离子+配体小分子体系结果相差很大怎么办 [打印本页]

作者
Author: wmy1217 时间: 2024-1-6 21:31
标题: GROMACS重复模拟蛋白+金属离子+配体小分子体系结果相差很大怎么办
最近在进行跑分子动力学模拟，模拟系统中包括蛋白，金属离子，配体小分子。蛋白质用的是同源建模得到的，配体小分子的初始结合位置是通过分子对接得到的，金属离子的位置是通过mib网站预测得到的

模拟一共跑了50ns，同一个系统在完全相同的条件下进行了几次重复模拟，我发现这几次重复模拟的蛋白的RMSD相差很大，不知道是什么造成的，是模拟时间不够吗，或者是蛋白与配体在模拟前的能量最小化不够没有收敛好，还是什么导致的呢？
那我该选择哪一个轨迹呢，或者说这个结果我还能不能用，我要给他们取平均吗，还是要怎么优化？

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作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-7 05:08
注意看此文
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

把不同次数模拟的轨迹叠加显示以搞清楚蛋白质结构差异在哪、离子/配体位置是否存在明显差异等，由此思考这是动力学混沌性带来的合理现象还是哪里处理不当，绝对别光看RMSD曲线凭空去猜

自觉交代清楚贴的图里的信息，红线和黑线指什么都不说

mdp没显著问题。如果金属离子是一直与蛋白质结合的，更建议纳入到蛋白质的控温组里

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