计算化学公社

标题: gromacs做离子液体的QM/MM MD [打印本页]

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-10-14 15:17
标题: gromacs做离子液体的QM/MM MD
各位老师好，我在研究用gromacs来做离子液体的QM/MM 动力学时，总是出现这样的错误提示，不知道该怎么解决。请各位老师帮忙看一下，谢谢老师！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-10-14 15:23
一直想用gromacs做QMMM计算，但是不知道怎么弄。楼主可有学习资料？谢谢楼主
PS：期待sob老师的gromacs的培训班能有这一部分的讲解。

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-10-14 15:55

小范范1989 发表于 2016-10-14 15:23
一直想用gromacs做QMMM计算，但是不知道怎么弄。楼主可有学习资料？谢谢楼主
PS：期待sob老师的gromacs的 ...

在gromacs的manual中有QM/MM这一板块，还有其他的就是网上查的零零散散的资料了。不过找了一些QM/MM方面的文献，如果你需要的话，可以发给你。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-14 18:18
量化计算需要知道原子序号，从提示上看你的力场文件中没有包含原子序号信息，按照提示加入原子序号再试

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-10-14 18:37

ruanyang 发表于 2016-10-14 18:31
http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/EMBO2004/html/tutorial.html

http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/qmmm. ...

谢谢，这两篇我都找到过，脚本也是根据这里面的编的。可这都是蛋白质的，可能跟离子液体还有差别，所以总是出现错误。。。。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)