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标题: 请教：Gromacs中OPLSAA力场书写[atomtypes]的name时是否必须以opls_xxx的形式 [打印本页]

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Author: adong 时间: 2024-1-8 21:21
标题: 请教：Gromacs中OPLSAA力场书写[atomtypes]的name时是否必须以opls_xxx的形式
如题，请教：Gromacs中OPLSAA力场书写[atomtypes]的name时是否必须以opls_xxx的形式，可否随意设置name名称？

比如设置为第二列的名字
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Author: slxc920113 时间: 2024-1-9 08:54
atomtypes的第一列和itp文件的molecule字段的atom type需要保持一致，因为程序是根据名称查找LJ参数的，其他没有要求，你就是写成1，2，3，4都可以。

作者
Author: adong 时间: 2024-1-9 15:18

slxc920113 发表于 2024-1-9 08:54
atomtypes的第一列和itp文件的molecule字段的atom type需要保持一致，因为程序是根据名称查找LJ参数的，其 ...

好的，感谢

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Author: sobereva 时间: 2024-1-19 03:15
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗，不建议改变，虽然可以改
第二列是bond type，是OPLS-AA特有的，不建议改成这个，会造成混淆

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Author: adong 时间: 2024-1-19 23:09

sobereva 发表于 2024-1-19 03:15
opls_作为开头是OPLS-AA力场的习俗，不建议改变，虽然可以改
第二列是bond type，是OPLS-AA特有的，不建议 ...

sob老师, 对于GAFF力场第二列是不是不重要,我看有的写bond_type同atomtypeName, 有的写atom Number?

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Author: sobereva 时间: 2024-1-20 06:48

adong 发表于 2024-1-19 23:09
sob老师, 对于GAFF力场第二列是不是不重要,我看有的写bond_type同atomtypeName, 有的写atom Number?

GAFF没有bond_type的概念，直接就根据原子类型确定参数，不需要像OPLS-AA那样需要先映射到bond_type再确定成键项参数

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Author: adong 时间: 2024-1-20 21:53

sobereva 发表于 2024-1-20 06:48
GAFF没有bond_type的概念，直接就根据原子类型确定参数，不需要像OPLS-AA那样需要先映射到bond_type再确 ...

谢谢sob老师

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