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标题: packmol找不到指定输入文件求助 [打印本页]

作者
Author: 吕安琪 时间: 2024-1-15 19:15
标题: packmol找不到指定输入文件求助
各位老师，我在windows下运行packmol时出现以下错误，找不到指定文件，但是我将packmol.exe和所需的inp和文pdb件都放在了同一个文件夹下面了，请问该如何解决？

作者
Author: 牧生 时间: 2024-1-15 20:29
本帖最后由牧生于 2024-1-15 21:04 编辑

你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

作者
Author: 吕安琪 时间: 2024-1-16 09:18

牧生发表于 2024-1-15 20:29
你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

mix_box.inp文件的内容如下：
#
# Abulk box
#

tolerance 2.0
add_box_sides 1.2
filetype pdb
output mix_box.pdb

structure input.pdb
number 50
inside cube 0. 0. 0. 20
inside box 0. 0. 0. 20. 20. 20.
end structure

作者
Author: 吕安琪 时间: 2024-1-16 09:22

牧生发表于 2024-1-15 20:29
你的pdb文件放在哪里的？？

inp里面写的啥

pbd文件被命名为input，和packmol.exe和mix_box.inp均在同一个文件夹下面

作者
Author: 七尺贱 时间: 2024-1-16 09:37
你不如把文件发出来让大家看看

作者
Author: 牧生 时间: 2024-1-16 09:59
我和你写的不一样哦。我写的pdb，你写的pbd。此外，建议把所有文件的后缀名都显示出来哦。
如果仍有各种疑问，详细阅读
http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

作者
Author: 吕安琪 时间: 2024-1-16 11:02

七尺贱发表于 2024-1-16 09:37
你不如把文件发出来让大家看看

好的我已经将pdb文件和inp文件分别上传了麻烦帮忙看一下问题按照贴子里的做了还是会出现错误谢谢啦

作者
Author: 吕安琪 时间: 2024-1-16 11:09
本帖最后由吕安琪于 2024-1-16 11:14 编辑

牧生发表于 2024-1-16 09:59
我和你写的不一样哦。我写的pdb，你写的pbd。此外，建议把所有文件的后缀名都显示出来哦。
如果仍有各种疑 ...

不好意思我写错啦我把pdb文件和inp文件都上传了都是按照这个帖子做的还是会报错麻烦帮忙看一下谢谢啦

作者
Author: 牧生 时间: 2024-1-16 11:36
试了一下，可以建立盒子的。不过还是建议把盒子再设的稍微大点，让分子分布稀疏一点，比较容易成功建立合理。问题出在inp文件不是pdb文件。

你先搞清楚什么是后缀名。XXX.inp.pdb和XXX.inp是不一样的东西哦，改了以后就可以成功的。

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