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标题: 求助：金属配合物能量最小化报错 [打印本页]

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Author: 芮啦 时间: 2024-1-16 14:50
标题: 求助：金属配合物能量最小化报错
各位老师好，我需要模拟蛋白质和多酚-Cu2+配合物的体系，能量最小化阶段报错，查看能量最小化后的结构，发现多酚分子上的键发生了错配。重新使用Gaussian对配合物做了优化加振动分析，计算RESP电荷，并使用sobtop生成了GAFF力场下的.itp文件，在真空下只针对一个多酚-Cu2+配合物进行模拟，在能量最小化之后出现以下提示，atom 18是羰基上的氧原子，下面是相关的文件。我按照sob老师提供的“为什么我基于Sobtop产生的拓扑文件，在动力学模拟过程中GROMACS报错/崩溃？”逐个进行排查，能量最小化依然报错，麻烦各位老师帮忙分析一下出错的原因，万分感谢

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Author: snljty2 时间: 2024-1-16 17:16
你这个pdb咋都没有CRYST1字段记录的晶胞参数，但是mdp里面又指定了pbc=xyz。

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Author: 芮啦 时间: 2024-1-16 18:00

snljty2 发表于 2024-1-16 17:16
你这个pdb咋都没有CRYST1字段记录的晶胞参数，但是mdp里面又指定了pbc=xyz。

谢谢老师，这里的pdb文件是Gaussview中画的结构，Gaussian优化后得到的.out文件另存的.pdb文件

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