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标题: 阴离子的体系，做TS时需不需加弥散的问题。 [打印本页]

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Author: 小巨人 时间: 2016-10-14 17:15
标题: 阴离子的体系，做TS时需不需加弥散的问题。
前段时间，本人做过渡态，本想先用的B3LYP/6-31G**找到过渡态，然后加弥散算单点来计算，出结果很快；但是本人导师要求做TS时必须加弥散，前者是不对的。于是加弥散又重新做了一遍，发现加弥散，对于中性分子TS结构差异不大，但是对于含阴离子的体系确实和不加弥散的TS结构有较大差异。总结：含有阴离子的体系最好还是加弥散，做TS。问题二：关于乙二醇的羟基氢转移到羧基形成羧酸的反应合不合理，导师说：氢离子和氢自由基不一样，这个反应本身有问题；不知道导师说的这个反应对不对，还有第一点的总结是否正确，还请各老师点评，文件已上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-10-14 18:42
阴离子体系，TS优化时候不是必须用弥散，但起码得用3-zeta。如果非得2-zeta则应当加弥散。我通常建议对于不是非得要弥散不可的时候（也包括阴离子优化），等到了3-zeta后再考虑弥散，这样才是最划算的。

没有合不合理之说，毕竟IRC你也走出来了。明显看到羟基氢转移到羧酸根上头之后能量比之前升高了很多，所以实际中不会发生。这很容易理解，羧基pka比羟基低得多，没有从羟基上要氢的倾向。

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Author: chengxing545946 时间: 2016-10-15 16:08
这位同学，你好，请问你这个反应找出来的过渡态是对的吗，我最近找的过渡态也是这样子，我认为不对，因为氢直接连接到产物上去了，这个应该算是产物复合物吧？

作者
Author: kevin 时间: 2016-10-16 08:35
请问楼主，阴离子体系该怎么计算？能否上传输入文件？谢谢啦！

作者
Author: 小巨人 时间: 2016-10-16 10:00

sobereva 发表于 2016-10-14 18:42
阴离子体系，TS优化时候不是必须用弥散，但起码得用3-zeta。如果非得2-zeta则应当加弥散。我通常建议对于不 ...

恩恩，谢谢sob老师耐心回答。

作者
Author: 小巨人 时间: 2016-10-16 10:04

chengxing545946 发表于 2016-10-15 16:08
这位同学，你好，请问你这个反应找出来的过渡态是对的吗，我最近找的过渡态也是这样子，我认为不对，因为氢 ...

过渡态我感觉是对的，毕竟IRC也跑出来了，我认为这个也是一个产物复合过程，复合的过程也有过渡态，只不过产物如sob老师所讲，比反应物能量升高很多，实际不会发生。

作者
Author: chengxing545946 时间: 2016-10-16 12:55

小巨人发表于 2016-10-16 10:04
过渡态我感觉是对的，毕竟IRC也跑出来了，我认为这个也是一个产物复合过程，复合的过程也有过渡态，只不 ...

哦哦，好的，非常感谢！

作者
Author: SAI 时间: 2020-2-4 13:38

sobereva 发表于 2016-10-14 18:42
阴离子体系，TS优化时候不是必须用弥散，但起码得用3-zeta。如果非得2-zeta则应当加弥散。我通常建议对于不 ...

sob老师，我目前在做CNOF阴离子体系解离的AIMD模拟，在PBE0/def2-SVP级别下完成了计算。目前想把基组加大一些，由于要大量计算轨迹，所以提升基组的能力有限，是该优先使用def2-TZVP还是加弥散用ma-def2-SVP呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-6 02:49

SAI 发表于 2020-2-4 13:38
sob老师，我目前在做CNOF阴离子体系解离的AIMD模拟，在PBE0/def2-SVP级别下完成了计算。目前想把基组加大 ...

建议用B3LYP-D3(BJ)结合def-TZVP，远比def2-TZVP便宜，比def2-SVP又好得多

作者
Author: SAI 时间: 2020-2-6 10:49

sobereva 发表于 2020-2-6 02:49
建议用B3LYP-D3(BJ)结合def-TZVP，远比def2-TZVP便宜，比def2-SVP又好得多

sob老师，我之前用的是PBE0-D3(BJ), 后续有必要换成B3LYP-D3(BJ)吗？根据您的推荐，还是把基组提升到3-zeta比加弥散更重要，是否可以理解为AIMD计算解离通道时，主要是计算受力，对能量的要求不是很精确呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-8 10:01

SAI 发表于 2020-2-6 10:49
sob老师，我之前用的是PBE0-D3(BJ), 后续有必要换成B3LYP-D3(BJ)吗？根据您的推荐，还是把基组提升到3-ze ...

已经用了PBE0-D3(BJ)就继续用，如果不需要和之前的计算进行对比建议改成B3LYP-D3(BJ)
3-zeta相对于2-zeta对于描述价层电子结构有明显改进，实际价值比起加弥散函数高得多（除非是那些加弥散函数极其关键的场合）

作者
Author: csu-77 时间: 2023-7-14 14:28
本帖最后由 csu-77 于 2023-7-14 14:32 编辑

借楼问sob老师一个问题，目前搜索的一个过渡态结构为阴离子体系，泛函和基组选的是m062x/6-311G**，Gaussview自动输出的电荷和自旋多重度是0和2，按照这样的设置过渡态最终搜索成功了，虚频也是连接着反应的方向，IRC也跑出来了，想问下老师这个结果能用嘛，是不是必须得按照实际的电荷和自旋多重度(-1 1)来搜索才行？

作者
Author: dnlx 时间: 2023-7-15 21:36

csu-77 发表于 2023-7-14 14:28
借楼问sob老师一个问题，目前搜索的一个过渡态结构为阴离子体系，泛函和基组选的是m062x/6-311G**，Gaussvi ...

不能用，因为
1. 电荷不同，说明分子不同；
2. 势能面依赖于自旋多重度。
所以你得到的结果根本就不属于你要研究的体系。
这种情况如果发表了，就是造假。

作者
Author: csu-77 时间: 2023-7-16 18:28

dnlx 发表于 2023-7-15 21:36
不能用，因为
1. 电荷不同，说明分子不同；
2. 势能面依赖于自旋多重度。

多谢多谢，电荷和自旋多重度我用-1 1看能算出过渡态和IRC不

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