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标题: 高斯-xtb联用计算IRC坐标变化不连续，求助原因 [打印本页]

作者
Author: lpy-lzu 时间: 2024-1-16 23:51
标题: 高斯-xtb联用计算IRC坐标变化不连续，求助原因
本帖最后由 lpy-lzu 于 2024-1-17 00:09 编辑

我按照《将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)》帖子里的教程对一个过渡态在GFN2水平下使用高斯做IRC计算，作业正常结束，高斯读取IRC结果，反应过程非常连续，在计算过程没有问题。（irc的log文件过大无法上传附件）

后续，我用站长的GauIRC2xyz读取IRC轨迹坐标，想放到VMD里做后续处理，脚本成功读取了log文件里的坐标，坐标变化不连续，过渡态所处的构象和两侧方向都存在一定偏移。
GauIRC2xyz脚本网址：将Gaussian的IRC任务输出转换为.xyz轨迹文件的工具：GauIRC2xyz - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)
附件000002.xyz可以在vmd中查看，在第60步坐标不连续。

但是把irc的log文件中过渡态的input orientation用它在Gaussview-calculate setup中显示的坐标替换掉（如附图InputOrientation_vs_GaussviewCoordinate.png），坐标变化就连续了（没有直接手动换是因为要批处理）

我以为Gaussview是读取了log文件的坐标重新调整为标准坐标朝向，所以用高斯又算了一次得到过渡态的标准朝向（如附图standard_orientaion.png），但是发现标准朝向也和Gaussview-calculate setup中里面显示的坐标不一样。

所以Gaussview在从Gaussian读到Input orientation之后做了什么计算呀？这种坐标偏移出现的原因是什么呀？希望大佬能够帮忙解答，万分感谢！

作者
Author: 王二葛 时间: 2024-1-17 12:13
我遇到了 GauIRC2xyz 中 TS 这一帧坐标不连续的情况，但没检查问题出在哪里

如果只是为了解决不连续，可用 VMD 中 RMSD trajectory > align

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