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标题: plumed做metad的一些问题（已解决 [打印本页]

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-1-18 09:00
标题: plumed做metad的一些问题（已解决
本帖最后由 wanzongliang 于 2024-1-19 16:57 编辑

我用gromacs2023.3结合plumed2.8做元动力学的二维采样，跑了30ps测试之后想用sum_hills提取自由能，（命令为plumed sum_hills --hills HILLS）但提示报错
terminate called after throwing an instance of 'PLMD::Plumed::ExceptionError'
what():
+++ PLUMED error
+++ at Grid.cpp:109, function void PLMD::GridBase::Init(const string&, const std::vector<std::__cxx11::basic_string<char> >&, const std::vector<std::__cxx11::basic_string<char> >&, const std::vector<std::__cxx11::basic_string<char> >&, const std::vector<unsigned int>&, bool, bool, const std::vector<bool>&, const std::vector<std::__cxx11::basic_string<char> >&, const std::vector<std::__cxx11::basic_string<char> >&)
+++ assertion failed: nbin>0
+++ message follows +++
number of grid points must be greater than zero
已放弃 (核心已转储)

请问有老师知道是什么问题吗
（目前可能的原因有俩个
1 mdp文件的设置问题，我看plumed可以直接设置CVs的拉动，我就把mdp文件pull和awh选项注释掉了，不知道会不会是我理解错误
2 plumed.dat文件的设置问题，可能我没看懂手册，我没看出来文件的问题）
附上我的mdp文件和plumed输入文件，请老师们帮我看看

作者
Author: 莫斯科学家 时间: 2024-2-27 21:50
这个问题是怎么解决的呀，我也遇到了同样的问题，求指导

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-2-28 09:04

莫斯科学家发表于 2024-2-27 21:50
这个问题是怎么解决的呀，我也遇到了同样的问题，求指导

我的plumed.dat文件设置有问题

作者
Author: 莫斯科学家 时间: 2024-2-28 15:55

wanzongliang 发表于 2024-2-28 09:04
我的plumed.dat文件设置有问题

具体是那里的设置有问题呢？要怎么修改，我刚学这个，不太懂

作者
Author: wanzongliang 时间: 2024-2-29 09:16
本帖最后由 wanzongliang 于 2024-2-29 09:17 编辑

莫斯科学家发表于 2024-2-28 15:55
具体是那里的设置有问题呢？要怎么修改，我刚学这个，不太懂

我俩设置的也未必一样，我是修改了plumed文件里的sum设置

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