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标题: 求助ONIOM建系统l120报错either user# or symol already defined [打印本页]

作者
Author:
shouwu_he    时间: 2024-1-18 13:22
标题: 求助ONIOM建系统l120报错either user# or symol already defined
最近在学习怎么使用ONIOM,我的体系是CYP450和一个药物小分子,现在是在进行reactant compound的optimization,在加了MM参数以后一直出现either user# or symbol already defined的错误,这里贴出来看一看
(Enter /share/home/grp-hiraoh/apps/g16c01_avx2/g16/l120.exe)
SvSCFP is copying densities from files   528 and   530 to   603.
ONIOM: saving gridpoint  2
ONIOM: restoring gridpoint 17
ONIOM: generating point  1 -- low level on model system.
Generating MM parameters for model system.
Read MM parameter file:
Either user# or symbol already defined
Error termination via Lnk1e in /share/home/grp-hiraoh/apps/g16c01_avx2/g16/l120.exe

它好像没有指出来哪里有defined, 我认为还是MM参数的问题,查了l120的作用也没看出来什么,求解

顺带,在这个错误之前,我遇见的是angle not defined,于是我按照上面显示的内容删掉了连接,再打开gv时heme和小分子ligand的所有键都删掉了,这样子应该也没问题吧?如果后续还出现了别的问题我也想在这里求助
我把input和log文件都放在这个压缩包里,input本来是com格式我发给别人的时候显示不支持文件所以改成了txt

作者
Author:
sobereva    时间: 2024-1-19 03:03
高层也就100个原子左右,不如用簇模型,省得折腾
要善用簇模型,不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597
作者
Author:
watermelon_    时间: 2025-7-4 12:04
我也遇到了这个问题 请问有解决的方法嘛qaq




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