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标题: 模拟油/水界面后，密度分布结果不好，曲线不平滑 [打印本页]

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Author: 呀芽芽 时间: 2024-1-18 11:35
标题: 模拟油/水界面后，密度分布结果不好，曲线不平滑
各位老师好，我的体系是模拟表面活性剂在油/水界面的行为，我用Multiwfn脚本调取g09进行分子优化，然后拟合RESP电荷，后用acpype转化得拓扑文件。然后用最陡下降法进行能量最小化，NPT30ns，最后md模拟200ns，但是我最后得到的数据不太好，图形波动很大，想请教一下是什么问题？以下附上我的mdp文件以及密度分布图。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 02:29
可能模拟的时间不够长，统计误差太大。保存的帧数间隔也可以改小点，这样被统计的帧数还能多点。
如果不想增加模拟时间，也可以把那两种分子数目多增加一些

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2024-1-29 09:09

sobereva 发表于 2024-1-19 02:29
可能模拟的时间不够长，统计误差太大。保存的帧数间隔也可以改小点，这样被统计的帧数还能多点。
如果不想 ...

老师，我重新模拟了300ns，而且也把分子数增多了，把保存的帧数间隔改成了nstenergy=50，但是模拟出来还是油的密度分布波动很大。我看的这类型文献能量最小化都是采用最速下降和共轭梯度法，但我们实验室的主机不支持共轭梯度法双精度，所以我只进行了最速下降法能量最小化。而且我能量最小化的时候会出几个pdb文件，但是没有报错，我想问您最后这个结果不准确是不是也和我能量最小化不彻底有关系呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 03:42

呀芽芽发表于 2024-1-29 09:09
老师，我重新模拟了300ns，而且也把分子数增多了，把保存的帧数间隔改成了nstenergy=50，但是模拟出来还 ...

nstenergy影响的是edr文件写入频率，跟轨迹文件写入频率是两码事，要改的是nstxout或nstxout-compressed
跟能量极小化算法毫无联系，MD跑起来之后很快就会“忘记”初始状态了

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