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标题: 求助gromacs限制两种物质要怎么做？ [打印本页]

作者
Author: YYLJR 时间: 2024-1-18 11:59
标题: 求助gromacs限制两种物质要怎么做？
Gromacs在nvt平衡之前限制一种物质的步骤如下，那限制两种物质要怎么做？

index文件的获取：
gmx make_ndx -f em.tpr -o index.ndx
(-n是旧的索引文件）可以直接手动修改(用tpr文件：t HA进行选择）
gmx genrestr -f 5pp.gro -o posre.itp -fc 1000 1000 1000
(posre文件的获取之后将file.gro保存为restraint.gro)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 02:35
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 02:51
你列出的根本就不是限制的方法，产生定义位置限制的posre.itp后难道不include到主top里？
限制两个部分显然用两次genrestr产生两个位置限制文件分别include到主top里的合适位置就完了

file.gro、restraint.gro完全意义不明，做位置限制根本没它们的事。位置限制纯粹是在拓扑文件里定义的。除非你是指用于定义参考位置的gro文件

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