计算化学公社

标题: 请问有没有哪位高手使用过clayff在gromacs或dlpoly中的模拟 [打印本页]

作者
Author: shaofeng 时间: 2016-10-15 23:47
标题: 请问有没有哪位高手使用过clayff在gromacs或dlpoly中的模拟
各位专家，
我最近想学习下分子动力学模拟离子在矿物表面的吸附，想采用clayff力场，但是用gulp的时候不能为原子指定力场。试了下gromacs，但是对于这个力场似乎网上可找到的资料很少，在指定原子力场时总出现转化不了的问题，可能格式不对。想请问有没有哪位高手使用过clayff在gromacs或dlpoly中的模拟，能否分享下力场文件和实例。
多谢。

作者
Author: shaofeng 时间: 2016-10-15 23:51
上传下我在gromacs中使用过的立场文件和xyz文件，我想用x2top转化，但是总是不成功。请多指导。

作者
Author: DDXZS 时间: 2020-6-20 22:24
您好，请问clayFF力场是需要自己编译吗

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-6-21 22:24

DDXZS 发表于 2020-6-20 22:24
您好，请问clayFF力场是需要自己编译吗

力场文件不存在编译的问题，如果在GMX中使用可以借助下面这个Matlab脚本
Michael Holmboe. atom: A MATLAB PACKAGE FOR MANIPULATION OF MOLECULAR SYSTEMS, Clays and Clay Minerals, Accepted November 2019. DOI:10.1007/s42860-019-00043-y

作者
Author: DDXZS 时间: 2020-7-2 20:58

Lacrimosa 发表于 2020-6-21 22:24
力场文件不存在编译的问题，如果在GMX中使用可以借助下面这个Matlab脚本
Michael Holmboe. atom: A MATL ...

好的感谢您

作者
Author: chieko 时间: 2023-1-10 23:23
Advances in Clayff Molecular Simulation of Layered and Nanoporous Materials and Their Aqueous Interfaces, J. Phys. Chem. C 2021, 125, 32, 17573–17589
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcc.1c04600
关于CLAYFF力场的综述，SI里面有CLAYFF和gmx单位转化的详细过程和gromacs力场文件。

作者
Author: wyx1208 时间: 2025-3-28 21:58
大佬您好，请问你有使用过clayff在gromacs中模拟的例子吗，能否分享下力场文件和实例呢。非常感谢！

作者
Author: HeBingkun-JNU 时间: 2025-4-26 12:01

wyx1208 发表于 2025-3-28 21:58
大佬您好，请问你有使用过clayff在gromacs中模拟的例子吗，能否分享下力场文件和实例呢。非常感谢！

你好，可以加个联系方式吗，我也想做这个方向

作者
Author: 方方方 时间: 2025-6-1 23:38

HeBingkun-JNU 发表于 2025-4-26 12:01
你好，可以加个联系方式吗，我也想做这个方向

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