计算化学公社

标题: 请教：导师让我自学MD 做有关聚合物模拟学什么软件比较好呀？ [打印本页]

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-18 14:03
标题: 请教：导师让我自学MD 做有关聚合物模拟学什么软件比较好呀？
看了许多帖子，大概是用GROMACS或者LAMMPS或MS做聚合物模拟的。我导主要想让我探究聚合物反应过程的模拟。看了社长大大的帖子，想学GROMACS，但我导让我学MS，整一个人现在就是一头雾水。不知道该怎么学。

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-18 14:29
首先，你的导师是做计算方向的吗？如果不是，那趁早跑路…… 如果是，那应该先问他

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-18 15:26

乐平发表于 2024-1-18 14:29
首先，你的导师是做计算方向的吗？如果不是，那趁早跑路…… 如果是，那应该先问他

他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验就想让我去模拟。。。。

作者
Author: murphy 时间: 2024-1-18 15:29

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 15:26
他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验就想让我去模拟。。。。

坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

作者
Author: gauss98 时间: 2024-1-18 15:44
现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

聚合物反应是说在催化剂上聚合吗？这个用量子化学，
聚合物材料性能模拟则不涉及化学键变化，用分子动力学或者粗粒化模型
跟量子化学不是一个方向的

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-1-18 15:50

gauss98 发表于 2024-1-18 15:44
现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

这种导师，做出来是他的功劳，指导有方。做不出来就是你废物，啥都不会

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-18 16:00

gauss98 发表于 2024-1-18 15:44
现在的导师真不配导师
自己不会让学生摸索

已经头要秃了，刚研一最初在做ASPEN缩聚模拟模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点让我构建碳量子点模型分析荧光性能我就又学高斯学量子化学，昨天晚上让我把聚合反应的模拟用MD进行模拟，探究反应过程，我对MD一窍不通，了解了大半天，就有一个疑问分子动力学模拟能够模拟是否发生聚合反应吗？我搜的资料基本都是对某个聚合物进行性能模拟，或者交联聚合，或者对基态进行模拟。

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-18 16:02

murphy 发表于 2024-1-18 15:29
坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

打算参加一下GMX的培训假如他给我报销的话，我也觉得MS目前我能接触的资料太杂太乱理不清楚

作者
Author: 万里云 时间: 2024-1-18 16:43

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 15:26
他不是，他是主要做实验的，然后想用模拟验证实验就想让我去模拟。。。。

主要做实验，用模拟验证实验

要素齐全，建议跑路。

作者
Author: chaojichaoji 时间: 2024-1-18 16:44

murphy 发表于 2024-1-18 15:29
坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

作者
Author: ahxb 时间: 2024-1-18 16:52

chaojichaoji 发表于 2024-1-18 16:44
请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

计算慢，功能少，价格贵，不能用于大部分MD建模，对MD基本无用。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-18 18:21

chaojichaoji 发表于 2024-1-18 16:44
请问为什么MS毫无用处啊，我跟楼主情况类似，刚开始学MS

M$价格超贵，其中做动力学的forcite模块速度比gromacs慢数量级的程度，而且参数控制、导入、导出等非常不灵活，严重非主流，这也导致用M$做这方面研究的人越来越少，以后遇到问题都很难找到人帮你。从下面的投票中你也能知道M$如今是什么处境。在15年前那会儿，学学M$也就罢了，还能有一点价值，如今这年头还学M$真是毫无前途，花时间精力学习和使用早晚也会后悔。而且即便你好不容易算完了，在投稿之前，导师都大概率不会花那么多钱买M$，到时候都白算。
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

就怕那种完全不懂还乱指挥的导师。如果自己没有主见、盲目听这样导师的安排，后果就是不断碰壁，最后延期毕业。导师没什么损失，而自己就吃亏大了。如今这样的导师太多了。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-18 18:27

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一最初在做ASPEN缩聚模拟模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点让我构 ...

能否模拟聚合反应取决于你用什么方式做动力学，这不是动力学模拟本身的问题
你若用非反应力场，自然模拟不了化学反应。如果用反应力场，或者从头算动力学，都是可以模拟反应的发生的。
建议你把此文先看看
辨析计算化学中的任务类型和理论方法
http://sobereva.com/680（http://bbs.keinsci.com/thread-38982-1-1.html）

作者
Author: gauss98 时间: 2024-1-19 09:44

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一最初在做ASPEN缩聚模拟模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点让我构 ...

说句不好听的话
感觉你这位导师属于对于计算啥也不懂，基本概念都没有样子
aspen模拟，MD模拟，聚合反应模拟和荧光分析，属于不同领域，他竟然让你一个学生自己从头摸索
谨慎觉得，就算你自学通了，算的东西他也不知道怎么用
不如曝光一下学校让师弟避坑

作者
Author: KSeGaSn 时间: 2024-1-19 10:47

玉子ogmi 发表于 2024-1-18 16:00
已经头要秃了，刚研一最初在做ASPEN缩聚模拟模拟了四个月流程快打通了，他新谈的项目做碳量子点让我构 ...

哥们直接拒绝吧从ASPEN 到量子点到荧光再到MD模拟反应纯做实验的让学生自学模拟的情况下自学一个都已经挺坑的了你这属于五毒俱全进了这个坑我怀疑你不精通从电子结构到化工流程的全套模拟都得被老板PUA死而且不管是发文章还是搞项目之后你也没什么太大收益直接拒绝安心搞你们组正常的、能完全属于你自己的课题。

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-22 14:19

KSeGaSn 发表于 2024-1-19 10:47
哥们直接拒绝吧从ASPEN 到量子点到荧光再到MD模拟反应纯做实验的让学生自学模拟的情况下自学一个都已 ...

明天开年会已经打算明说了。

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-22 14:22

sobereva 发表于 2024-1-18 18:27
能否模拟聚合反应取决于你用什么方式做动力学，这不是动力学模拟本身的问题
你若用非反应力场，自然模拟 ...

好的，社长大大，我先看看。假如我只模拟碳量子点的荧光特性的话-通过掺杂原子改变荧光特性的话，只需要把高斯学好就行了吧，我看了您之前的那篇学量子化学的帖子。

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-22 14:25

gauss98 发表于 2024-1-19 09:44
说句不好听的话
感觉你这位导师属于对于计算啥也不懂，基本概念都没有样子
aspen模拟，MD模拟，聚合反 ...

不可能有师弟学这个的哈哈哈我必然劝退每一个人！但我们导实验挺不错的，人挺好，就是想不开想搞模拟，我成为那个开刀的了。他问我愿意不，我没想到那么难。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 03:30

玉子ogmi 发表于 2024-1-22 14:22
好的，社长大大，我先看看。假如我只模拟碳量子点的荧光特性的话-通过掺杂原子改变荧光特性的话，只需要 ...

一般来说用Gaussian就够了

作者
Author: 玉子ogmi 时间: 2024-1-23 09:04

sobereva 发表于 2024-1-23 03:30
一般来说用Gaussian就够了

OK，那我先学Gaussian

作者
Author: naoki 时间: 2024-1-23 13:08
聚合物反应过程。。。。这个还是量子化学方法吧可以先在论坛里学习下ORCA、Gaussian相关知识 ReaxFF估计hold不住

作者
Author: scale12567 时间: 2024-1-26 11:04

murphy 发表于 2024-1-18 15:29
坑逼导师，要么run要么从GMX开始跟着社长学一遍，学习MS对自己以后得科研毫无用处

如果只是想要凑合用来毕业，而且导师要求的计算任务也不太难，我觉得M$还是可以用的，毕竟有UI介面，按按钮送进去黑盒子就搞定。但如果是专门搞计算或是需要做一些很复杂的计算绝对不推M$

作者
Author: xgnihao 时间: 2024-1-29 21:52
别用MS了，理性的角度：楼上的大神们都给你讲了，感性的角度：别人可能会觉得你是个外行

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-30 19:24
想当年我刚进课题组还没开始做实验，导师让我学MS用CASTEP模块算band和DOS，然后我在B站上屁颠屁颠地找教程……结果一问师兄们，人家说这年头谁还用MS啊？怎么不学QE或者vasp？我：……

作者
Author: Puying 时间: 2024-2-2 18:33
MS对于初学者来说，这个建模功能还是不错的。但也仅仅是建模了。

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2024-2-2 23:38
如果老板完全不懂的话，建议跟他提找个专业做计算的组搞联合培养。不要自己自学，这就是自讨苦吃，我就是受害者。

作者
Author: Qingming 时间: 2024-2-29 14:31
哈哈，给你些有用的建议，我当初也是导师做实验的然后让我学计算：1、你是打算读博然后一直搞科研吗？如果是，可以学，因为之后一直用的上，而且作用也比较大，现在比较好的文章基本也要求加DFT（太TM卷了）。2、给不给钱报班？给就学，我当初报社长的课程，我导是全部报销的，而且是他让我报班学的，全靠自学容易跑偏走弯路。符合这两条，就可以学，毕竟技多不压身，实验口也很缺会计算人。by the way,我是用的Gaussian和VASP，分别针对非周期与周期性体系。

作者
Author: hxd_yi 时间: 2024-2-29 19:06
我觉得26楼的建议比较靠谱，或者让你老板招个做计算的博后。和这个帖子一起挂在首页的是计算找教职比较困难的帖子，所以要考虑清楚。

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