计算化学公社

标题: 求助：CP2K计算MD过程水分子键未断裂 [打印本页]

作者
Author: qzupc 时间: 2024-1-18 15:33
标题: 求助：CP2K计算MD过程水分子键未断裂
本帖最后由 qzupc 于 2024-1-27 11:49 编辑

各位老师好，我最近在学习使用cp2k算aimd，体系为2×2的碳酸钾上方5埃处有8个CO2和8个H2O，已经过结构优化，输入文件由Multiwfn生成，模拟温度为323K，压力1bar，使用GTH-PBE基组泛函，DFT-D3（BJ）修正，采用OT算法，步长1fs，采用NPT系综，计算50ps后仍未发现H2O分子键断裂并与CO2生成碳酸氢根
刚接触CP2K，请问各位老师我使用的基组泛函是否合适？是否需要延长反应时间继续计算？请各位老师帮忙解答，以下是inp文件 (, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 02:09
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现，用低于沸点的较高温度跑
当前的碳酸钾slab太薄了，XY方向也偏小

作者
Author: qzupc 时间: 2024-1-19 09:36

sobereva 发表于 2024-1-19 02:09
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现，用低于 ...

好的，感谢社长回复，之前主要是为了减少原子个数节省计算时间，我重新建模试一下

作者
Author: qzupc 时间: 2024-1-27 11:49

sobereva 发表于 2024-1-19 02:09
关键词并没显著问题
先跑个液态水和碳酸钾接触的界面体系看出现什么情况。并且为了加速现象的出现，用低于 ...

社长您好，我重新建立了一个4×3×2的碳酸钾平面板层，温度升高到353K，体系内添加12个CO2和H2O，模拟了5ps后仍然没看到碳酸氢根生成，从轨迹来看似乎延长模拟时间也不行，您能帮忙看下是inp文件有问题吗，新的inp文件我上传了

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-28 02:33

qzupc 发表于 2024-1-27 11:49
社长您好，我重新建立了一个4×3×2的碳酸钾平面板层，温度升高到353K，体系内添加12个CO2和H2O，模拟了5 ...

我说的是液态水层（固液界面，当三维周期性体系），而不是零星一些水分子。液态水和碳酸钾的接触远比这么些零散的水分子紧密得多、很短的模拟时间内出现反应的概率因此也更大
当前的控压时间常数太大
5 ps时间太短，怎么也跑个几十ps
当前测试没必要加入CO2

作者
Author: qzupc 时间: 2024-1-29 09:55

sobereva 发表于 2024-1-28 02:33
我说的是液态水层（固液界面，当三维周期性体系），而不是零星一些水分子。液态水和碳酸钾的接触远比这么 ...

好的社长，我是考虑建成液态水层分子太多会过于耗时，目前体系算了5ps加上结构优化用了五天的时间，另外看到文献是放了十几个H2O和CO2在5ps以内会发生成断键反应，所以我考虑是不是我其他参数设置有问题，大多参数是按照文献已有参数设置的

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