计算化学公社

标题: 教你从头编译vasp-5.4.1 [打印本页]

作者
Author: youyno 时间: 2016-10-16 16:20
标题: 教你从头编译vasp-5.4.1
本帖最后由 youyno 于 2016-10-24 22:00 编辑

VASP的编译对于初学者来说一直是一个比较头疼的问题，到底该用什么库，用了这个库其他的库用不用？等等一系列的问题总是缠绕在编译者的心头。为了解决这一问题，让初学者接触vasp不再困难，在这里通过安装前的准备，环境变量的配置，程序编译，脚本的写法一步步从头教你。同时为了让你的安装不再困难，我已将本文涉及的全部文件打包上传到百度云中，想要成功地按照要求编译出VASP的同行一定要以这个文件夹内的压缩包为准，我不保证其他版本的相关程序能够成功编译，如我用ifort.13用同样的方法就没有办法编译出来，openmpi1.8.5也无法编译成功。下载地址http://pan.baidu.com/s/1pLhINQb
注意本次安装所用的所有压缩包都可以使用tar zvxf 进行解压
系统环境 Centos 6.6 64位
一、VASP安装环境的配置
A、intel编译器和MKL的安装
将l_fcompxe_2011.6.233.tgz和l_fcompxe_2011.6.233.tgz分别解压，
分别进入文件夹执行./install.sh
选择以当前用户安装
其他的选项为默认，在选择license时，以license文件进行验证，在需要输入路径的地方，输入zwt.lic文件的路径，
将两个包都安装成功之后，在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH

注意，/export/home/cluser1是当前用户的根目录，大家根据自己的实际情况修改，下同。
执行命令which ifort看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否
B、openmpi-1.6.5的安装
解压在文件夹内的openmpi压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile
./configure --prefix=安装目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
执行命令make -j8调用八核进行编译用以加快编译速度，直接用make单核编译可能超过1小时。
执行命令make install完成安装
在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效：
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPATH执行命令which mpif90看是否打印出安装路径用以判断安装或环境变量设置成功与否
C、fftw-3.3.4的安装
解压文件夹中的fftw-3.3.4压缩包，进入文件夹执行如下命令配置makefile
./configure --prefix=安装目录 --enable-mpi
注意，一定要加--enable-mpi否则在安装好的lib文件夹内无法生成此次编译VASP所必须的libfftw3_mpi.a文件
执行命令make，随后make install安装完成。
在~./bashrc文件中加入如下环境变量后执行source ~/.bashrc使之生效：
export PATH=/export/home/cluser1/fftw/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH
至此VASP安装前的准备工作已经完成，其实走到这里如果没有出错的话，你的编译就已经成功了80%，因为VASP-5.4.1的版本相比以前有了很大程度的优化
二、VASP的编译
在同一文件夹内解压vasp.5.4.1.tar.gz和vasp.5.lib_.tar_2.gz
得到vasp.5.4.1和vasp.5.lib
进入到vasp.5.4.1中
将下载的文件夹中名为makefile.include的文件拷入，其内容为：
# Precompiler options
#CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC91_ompi\" -DIFC \
         -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \
         -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
         -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
         -Duse_shmem -Dtbdyn
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \
         -DCACHE_SIZE=8000 -DPGF90 -Davoidalloc \
         -DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
         -DnoAugXCmeta -Duse_bse_te \
         -Duse_shmem -Dtbdyn -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpif90
FCL       = mpif90 -mkl

FREE    = -free -names lowercase

#FFLAGS    = -assume byterecl
FFLAGS    = -assume byterecl -FR -heap-arrays
#OFLAG    = -O2
OFLAG    = -O1 -ip
OFLAG_IN = $(OFLAG)
#DEBUG    = -O0
DEBUG    = -O0 -FR

MKLROOT =/export/home/cluser1/intel/mkl
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
LAPACK    =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
#BLACS    = -lmkl_blacs_openmpi_lp64
BLACS    =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_ilp64.a $(BLACS)

#OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \
         $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a
INCS    =-I/export/home/cluser1/fftw/include

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fft3dfurth.o fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

注意，上述内容是根据我安装程序的目录所设置的，所以有以下几条路径大家要根据自己的实际情况进行修改
MKLROOT =/export/home/cluser1/intel/mkl
OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /export/home/cluser1/fftw/lib/libfftw3_mpi.a
INCS    =-I/export/home/cluser1/fftw/include
如果你根据自己的安装情况这三个路径都找不到，那你也就告别VASP了。
另外，上述文件是我参考其他帖子进行修改得到的，最大的修改部分就是
BLACS    =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_openmpi_lp64
的原始设置是
BLACS    =-L$(MKL_PATH) -lmkl_blacs_intel_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64
以原始设置虽然也能够编译出vasp，但是编译后没有办法正常运行的。

在这一切都修改好，准备就绪后，在vasp.5.4.1文件夹中执行命令
make all
大概30分钟左右会完成编译，在bin文件夹中会生成三个可执行文件
vasp_gam  /gamma版本的vasp
vasp_std  /标准版本的vasp
vasp_ncl  /非线性版本的vasp
至此vasp的编译工作全部完成。
注意到和以往版本vasp的编译不同，这里没有进入到vasp.5.lib进行编译，其实这是vasp开发者为了使用者安装方便，将这一步骤已经糅合进make all的步骤之中。
三、vasp脚本的编写
如下是torque集群上运行的脚本vasp.sh
#!/bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -N vasp
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -j oe
#PBS -V
#PBS -l walltime=1500:00:00
export
LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIB
RARY_PATH
source /export/home/cluser1/intel/composerxe/bin/compilervars.sh intel64
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH
export
LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/mkl/lib/intel64:$LD_LIB
RARY_PATH
export
LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/intel/lib/intel64:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/bin:$PATH
export
LD_LIBRARY_PATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/lib:$LD_LIBR
ARY_PATH
export
MANPATH=/export/home/cluser1/openmpi-1.6.5-intel-v12.1.5/share/man:$MANPAT
H
cd $PBS_O_WORKDIR
EXEC=/export/home/cluser1/VASP/vasp.5.4.1/bin/vasp_gam
LOG_FILE=vasptest.log
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`
cat $PBS_NODEFILE > /tmp/nodefile.$$
mpirun -n $NP $EXEC
rm -f /tmp/nodefile.$$

相关路径，请根据实际情况进行修改，这个脚本既可以用于执行命令./vasp.sh&直接在当前机器上提交任务，也可以通过Torque任务管理系统用命令qsub vasp.sh提交。

祝大家好运，一次编译成功！

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-10-16 18:05
果真是需要intel 2011

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-10-16 18:12
大赞啊，我编译5.2的时候用的是 Intel 2013各种问题

作者
Author: luwis 时间: 2016-10-16 23:39
非常感谢！我还是新手，回帖比较水。

作者
Author: youyno 时间: 2016-10-17 09:18

ruanyang 发表于 2016-10-16 18:12
大赞啊，我编译5.2的时候用的是 Intel 2013各种问题

这种坑我已将跳进去太多次

作者
Author: jiangning198511 时间: 2016-10-17 09:53
mpif90 -free -names lowercase -assume byterecl -FR -heap-arrays -O1 -ip -I/fftw/3.3.4/include -c chi_base.f90
chi_base.F(2745): error #7013: This module file was not generated by any release of this compiler. [MPI]
USE mpi
--------^
chi_base.F(2760): error #6457: This derived type name has not been declared. [C_PTR]
TYPE(c_ptr) :: address
---------^
chi_base.F(2845): error #6404: This name does not have a type, and must have an explicit type. [ADDRESS]
call attachshmem(CHI%SHMID, address)
-----------------------------------^
compilation aborted for chi_base.f90 (code 1)
make[2]: *** [chi_base.o] Error 1

安装过程中出现了这个错误，楼主知道如何解决吗？

作者
Author: youyno 时间: 2016-10-17 15:24

jiangning198511 发表于 2016-10-17 09:53
mpif90 -free -names lowercase -assume byterecl -FR -heap-arrays -O1 -ip -I/fftw/3.3.4/include -c chi ...

不知道！

作者
Author: chrinide 时间: 2016-10-19 17:07
话说楼主有最新的 PAW 势文件不?

作者
Author: youyno 时间: 2016-10-19 19:21

chrinide 发表于 2016-10-19 17:07
话说楼主有最新的 PAW 势文件不?

没有，自己去找，我只装不用

作者
Author: DavyHou 时间: 2016-10-21 15:10
感谢楼主

作者
Author: Warm_Cloud 时间: 2016-11-13 14:49
vasp编译很坑爹，不知道作者怎么想的。

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-13 17:48

Warm_Cloud 发表于 2016-11-13 14:49
vasp编译很坑爹，不知道作者怎么想的。

是很坑爹，师弟，宿舍停电了！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-11-22 16:54
请问，第二步安装openmpi，frefix=路径后面的CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort是什么意思啊？

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-22 21:12

小书童发表于 2016-11-22 16:54
请问，第二步安装openmpi，frefix=路径后面的CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort是什么意思啊？

用刚刚安装的intel编译器编译openmpi防止之后使用它的时候出现兼容性问题

作者
Author: 小书童 时间: 2016-11-22 21:37

youyno 发表于 2016-11-22 21:12
用刚刚安装的intel编译器编译openmpi防止之后使用它的时候出现兼容性问题

恩恩，谢谢！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-11-22 22:18
本帖最后由小书童于 2016-11-23 15:29 编辑

安装mpi进行make，出现如图所示的error，请问是什么问题？

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-23 14:47

小书童发表于 2016-11-22 22:18
安装mpi进行make，出现如图所示的error，请问是什么问题？

你可以用which icc icpc ifort 看一下这些编译器都安装好没有

作者
Author: 小书童 时间: 2016-11-23 15:11
本帖最后由小书童于 2016-11-23 15:31 编辑

youyno 发表于 2016-11-23 14:47
你可以用which icc icpc ifort 看一下这些编译器都安装好没有

已经安装了。网上搜了下，和小木虫中http://muchong.com/html/201504/8771778.html的问题一样，说是版本差异大导致的，咱们make之前有设定CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort，应该不会出现差异大的问题吧？

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-23 16:58

小书童发表于 2016-11-23 15:11
已经安装了。网上搜了下，和小木虫中http://muchong.com/html/201504/8771778.html的问题一 ...

你试一下./configure的时候后面不加编译器的相关信息，看能否编译成功？能编译出来就用这个试一下继续往下编译vasp，看行不行，我没有做过这个测试

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-29 19:35
麻烦问下文件中的vtstcode压缩包是什么作用？

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-29 21:39

0916 发表于 2016-11-29 19:35
麻烦问下文件中的vtstcode压缩包是什么作用？

用来编译出可以计算过渡态的vasp，如果要用可以参考这里http://muchong.com/html/201605/10347144.html

作者
Author: 0916 时间: 2016-11-29 22:10

youyno 发表于 2016-11-29 21:39
用来编译出可以计算过渡态的vasp，如果要用可以参考这里http://muchong.com/html/201605/10347144.html

谢谢。我还想再请教一个问题，我进行ifort编译时是成功的，也按照您说的办法检查了ifort所在目录和环境，但是在进行fftw编译时提示错误：configure：error：cannot compile a simple Fortran program.麻烦您能给点建议吗？

作者
Author: youyno 时间: 2016-11-30 15:08

0916 发表于 2016-11-29 22:10
谢谢。我还想再请教一个问题，我进行ifort编译时是成功的，也按照您说的办法检查了ifort所在目录和环境， ...

这种问题可能是你系统的库不全，自己去百度寻找答案

作者
Author: 0916 时间: 2016-12-1 12:42

youyno 发表于 2016-11-30 15:08
这种问题可能是你系统的库不全，自己去百度寻找答案

谢谢

作者
Author: amani73986 时间: 2016-12-1 21:37
本帖最后由 amani73986 于 2016-12-1 21:56 编辑

多谢分享

作者
Author: amani73986 时间: 2016-12-2 16:05
你好，按照帖子的过程成功安装了准备工作的软件，但是在进入VASP安装时出现了以下问题，请问应该如何解决呢？谢谢您的帮助

作者
Author: 小书童 时间: 2016-12-8 09:24
终于根据作者的教程安装成功，其中自己体会有一个地方需要注意，第一步安装inter编译器会提示安装一些库，libgcc,glibc,libstdc++,这三个要把32位的库安装了，不然总是出错，后面就编译不成功了，第一步很关键，大家多注意！感谢作者的教程，赞！！！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-12-8 11:48

youyno 发表于 2016-11-29 21:39
用来编译出可以计算过渡态的vasp，如果要用可以参考这里http://muchong.com/html/201605/10347144.html

您好，这个可以编译过渡态的vasp的哪些操作是在make all之前吧？就是说如果想用vasp计算过渡态，要先进行链接中的步骤操作，最后在make all吧？

作者
Author: youyno 时间: 2016-12-8 14:24

小书童发表于 2016-12-8 11:48
您好，这个可以编译过渡态的vasp的哪些操作是在make all之前吧？就是说如果想用vasp计算过渡态，要先进行 ...

是的，第一大步把编译环境设置好之后，就可以按照网址上所说编译带vtst的VASP，但是在此之前，你需要把没有带vtst的vasp编译成功，防止出错时不知道错误出在哪里！

作者
Author: 小书童 时间: 2016-12-9 09:37

youyno 发表于 2016-12-8 14:24
是的，第一大步把编译环境设置好之后，就可以按照网址上所说编译带vtst的VASP，但是在此之前，你需要把没 ...

蒙了，make all两次吗？先按照您的教程（不带vtst的VASP）makeall一次，在根据网上的连接操作，修改设置，再makeall一次吗？

作者
Author: youyno 时间: 2016-12-10 16:42

小书童发表于 2016-12-9 09:37
蒙了，make all两次吗？先按照您的教程（不带vtst的VASP）makeall一次，在根据网上的连接操作，修改设置 ...

说的很清楚了！自己去理解一下

作者
Author: 小书童 时间: 2016-12-10 16:53

youyno 发表于 2016-12-10 16:42
说的很清楚了！自己去理解一下

恩恩，我理解的就是先学会编译不带vtst的VASP，然后再去编译带vtst的VASP。在编译带vtst的VASP时候，先按照您教程的来，之后加上链接中的那些操作，最后make all。应该对的吧？

作者
Author: youyno 时间: 2016-12-10 16:57

小书童发表于 2016-12-10 16:53
恩恩，我理解的就是先学会编译不带vtst的VASP，然后再去编译带vtst的VASP。在编译带vtst的VASP时候，先按 ...

编译成功了之后，在已有参数的基础上按照网址给出的设置进行修改

作者
Author: 小书童 时间: 2016-12-13 09:54

youyno 发表于 2016-12-10 16:57
编译成功了之后，在已有参数的基础上按照网址给出的设置进行修改

哦哦，果然我理解错了，多谢楼主耐心解答

作者
Author: abin 时间: 2017-1-11 13:00
vasp 5.4.1编译很简单的，新版的编译文件很好修改的。

├── makefile.include.linux_gfortran
├── makefile.include.linux_intel
├── makefile.include.linux_intel_cuda
└── makefile.include.linux_intel_serial
这几个自带的文档，说的明白的。
对应自己的系统修改一下，编译很简单的。

我测试系统：
Debian 8, 64bit,
Intel_composer_xe_2015.1.133 全套，含icc, ifort, impi,

参考这里修改make.include, http://www.archer.ac.uk/document ... ng_5-4-1-phase2.php

使用全套GNU编译器，以及系统自带的OpenMPI，也很顺利的，没啥问题。

编译顺利，没啥问题。

不过， vasp5.3.X的版本，编译的确很繁琐。

作者
Author: zblxyrz 时间: 2017-1-16 17:28

小书童发表于 2016-11-22 22:18
安装mpi进行make，出现如图所示的error，请问是什么问题？

您好，我最近编译vasp也是在这里出问题了，请问您最后解决了么？

作者
Author: chust 时间: 2017-1-26 01:55
非常感谢楼主, 我装了好长时间VASP一直都不成功, 看了楼主的帖子终于成功了, 实在是非常非常感谢!

作者
Author: 小书童 时间: 2017-2-15 21:11

zblxyrz 发表于 2017-1-16 17:28
您好，我最近编译vasp也是在这里出问题了，请问您最后解决了么？

解决了，是我centos版本的问题导致的，楼主的帖子没问题

作者
Author: zblxyrz 时间: 2017-3-13 16:15

小书童发表于 2017-2-15 21:11
解决了，是我centos版本的问题导致的，楼主的帖子没问题

请问您编译成功的是什么版本？

作者
Author: szp12345 时间: 2017-3-13 22:45
感谢分享，cpu跟gpu版的一样吗？

作者
Author: 小书童 时间: 2017-3-14 12:52

zblxyrz 发表于 2017-3-13 16:15
请问您编译成功的是什么版本？

centos 6.x 版本的都可以

作者
Author: lukewithyou 时间: 2017-3-28 10:29

小书童发表于 2016-12-8 09:24
终于根据作者的教程安装成功，其中自己体会有一个地方需要注意，第一步安装inter编译器会提示安装一些库，l ...

请问在安装intel的编译器时候，还要提前装什么东西？（除了楼主说的这个）

作者
Author: 小书童 时间: 2017-3-28 16:11

lukewithyou 发表于 2017-3-28 10:29
请问在安装intel的编译器时候，还要提前装什么东西？（除了楼主说的这个）

就是这个库的地方需特别注意，其他都按照楼主帖子走，没问题，安装32为库文件，安装32为库文件，安装32为库文件！

作者
Author: lukewithyou 时间: 2017-3-28 16:48

小书童发表于 2017-3-28 16:11
就是这个库的地方需特别注意，其他都按照楼主帖子走，没问题，安装32为库文件，安装32为库文件，安装32为 ...

嗯我已经安装好了不过我还想请教一个问题怎么样才能在机子上运行vasp？我已经把四个文件准备好了

作者
Author: 小书童 时间: 2017-3-28 20:22

lukewithyou 发表于 2017-3-28 16:48
嗯我已经安装好了不过我还想请教一个问题怎么样才能在机子上运行vasp？我已经把四个文件准备好了

mpirun -np 4 vasp_std >out.log &

作者
Author: lukewithyou 时间: 2017-3-30 20:31

小书童发表于 2017-3-28 20:22
mpirun -np 4 vasp_std >out.log &

谢谢了，已经成功算了~~

作者
Author: hongye 时间: 2017-4-11 15:55
收了，谢谢！

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2017-4-30 17:59
centOS-6.9中编译VASP，前面一直都很顺利，但是到了subdftd3.f90却卡住了，没有报任何错，我看在bin中已经出现了两个执行文件，vasp_gam与vasp_std,没有vasp_ncl.想问问大家，这个subdftd3.f90是干什么的，为什么没有编译通过却得到了另外两个执行文件。

作者
Author: nextnest 时间: 2017-5-17 14:55
楼主，你好。已经编译完成openmpi，修改~/.bashrc, which mpicc也能找到文件。但是，在编译fftw的过程中出现了问题，“could not find mpi library for --enable-mpi”。请问应该如何解决？

作者
Author: nextnest 时间: 2017-5-17 15:51

nextnest 发表于 2017-5-17 14:55
楼主，你好。已经编译完成openmpi，修改~/.bashrc, which mpicc也能找到文件。但是，在编译fftw的过程中出 ...

已经解决，mpi和fftw都在默认目录下编译就行。

作者
Author: 局部的人 时间: 2017-10-12 16:15
感谢楼主！！

作者
Author: 追寻科学的美 时间: 2017-10-13 07:45
很好的帖子，谢谢楼主大大，解决问题了

作者
Author: xylz6188 时间: 2017-10-30 13:02
楼主您好。我在安装intel编译器时出现了一点困惑。您说在选择license时，以license文件进行验证，在需要输入路径的地方，输入zwt.lic文件的路径。我查了一下需要在Intel官网注册获取，但现在有一个问题，在注册时需要“Choose Your Intel User ID”，这个ID怎么获取？

作者
Author: xylz6188 时间: 2017-10-30 14:28
./configure --prefix=安装目录 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort
执行时出现如下错误：
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking target system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for gcc... icc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/home/xyz/software/openmpi-1.6.5':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
解决办法：./configure --prefix=安装目录 CC=gcc CXX=g++ F77=ifort FC=ifort

作者
Author: 刘世隆 时间: 2017-11-22 11:02
我想问下，你们编出来是串行的还是并行的啊

作者
Author: Iamastudent 时间: 2017-12-30 16:28
厉害厉害

作者
Author: tcclab 时间: 2017-12-31 02:37
Mark！！！🏫

作者
Author: cndaqiang 时间: 2018-1-9 21:21
安装成功，感谢楼主

作者
Author: ultra1989 时间: 2018-1-17 21:29
总算是编译过去了。。。谢谢LZ！

作者
Author: skykill 时间: 2018-1-26 16:46
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdir: cannot create directory ‘build/std’: File exists
make[1]: Entering directory '/home/yanshuo/bian2/vasp.5.4.1/build/std'
rsync -ru ../../src/lib .
cp makefile.include lib
make -C lib
make[2]: Entering directory '/home/yanshuo/bian2/vasp.5.4.1/build/std/lib'
icc -O -c -o derrf_.o derrf_.c
/usr/include/bits/floatn.h(74): error: identifier "__float128" is undefined
typedef __float128 _Float128;
^

compilation aborted for derrf_.c (code 2)
makefile:28: recipe for target 'derrf_.o' failed
make[2]: *** [derrf_.o] Error 2
make[2]: Leaving directory '/home/yanshuo/bian2/vasp.5.4.1/build/std/lib'
makefile:155: recipe for target 'lib' failed
make[1]: *** [lib] Error 2
make[1]: Leaving directory '/home/yanshuo/bian2/vasp.5.4.1/build/std'
makefile:10: recipe for target 'std' failed
make: *** [std] Error 2
************************************************************************************
在VASP的编译中，make all后出现如上的报错，研究好久无果，请问楼主知道是什么问题吗？前面的操作没有出现问题，系统是ubuntu的。

作者
Author: Firstbleed 时间: 2018-1-30 09:40
vasp在提交任务后出现 NO executable was specified on the mpirun command line

作者
Author: BB_LFJ 时间: 2018-3-4 15:50

小书童发表于 2016-11-23 15:11
已经安装了。网上搜了下，和小木虫中http://muchong.com/html/201504/8771778.html的问题一 ...

请问，你最后怎么解决的这个问题啊？多谢~

作者
Author: BB_LFJ 时间: 2018-3-5 08:32
谢谢楼主！已经编译成功~
请各位务必按照帖子内出现的问题解决方案来实施，并且centos版本一开始我用的7，最后还是改用6.6才成功。
其中，openmpi的安装按楼主的方法并未成功，参考了如下帖子http://blog.csdn.net/amaowolf/article/details/7938357
再次感谢~

作者
Author: BB_LFJ 时间: 2018-3-5 09:21
楼主，请问为什么版本差异会造成编译不成功的情况啊？

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-4-4 08:30

skykill 发表于 2018-1-26 16:46
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdi ...

我在安装VASP 5.4.1时也出现了这些问题，请问您解决了吗？您是如何解决的？

作者
Author: king 时间: 2018-4-4 08:40
厉害了楼主

作者
Author: Ado 时间: 2018-4-5 12:33
好帖，

，受益匪浅

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-15 21:10
/export/home/cluser1是当前用户的根目录 what is that mean,i can not find where is it,thankyou

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-15 21:44

du19880425 发表于 2018-4-15 13:10
/export/home/cluser1是当前用户的根目录 what is that mean,i can not find where is it,thankyou

写你自己安装的路径

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-16 11:03

bomsaude 发表于 2018-4-15 21:44
写你自己安装的路径

i do not know where, so what can i do

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-16 11:12

du19880425 发表于 2018-4-16 11:03
i do not know where, so what can i do

another question, if i need delete all the file bashrc and then paste the codes?

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-17 16:15
本帖最后由 bomsaude 于 2018-4-17 16:30 编辑

du19880425 发表于 2018-4-16 03:12
another question, if i need delete all the file bashrc and then paste the codes?

/export/home/cluser1是当前用户的根目录

比如你的用户名是zhangsan，你是home下的一个用户

原来帖子中的
export PATH=/export/home/cluser1/intel/composerxe/bin:$PATH

你就写成
export PATH=/home/zhangsan/intel/composerxe/bin:$PATH

这些内容贴到.bashrc中，不要改动里面已有的东西，为了使这些内容生效，在终端
source ./.bashrc

你试试吧

作者
Author: skykill 时间: 2018-4-17 21:43

1130240115 发表于 2018-4-4 08:30
我在安装VASP 5.4.1时也出现了这些问题，请问您解决了吗？您是如何解决的？

当时使用的是最新的ubuntu版本，替换ubuntu的早一些版本成功了。

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-4-18 00:11
本帖最后由 1130240115 于 2018-4-18 08:07 编辑

skykill 发表于 2018-4-17 21:43
当时使用的是最新的ubuntu版本，替换ubuntu的早一些版本成功了。

谢谢您的回复。请问使用Ubuntu 14可以吗

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-18 10:27

bomsaude 发表于 2018-4-17 16:15
/export/home/cluser1是当前用户的根目录

你好多谢，刚用这个系统，前面的问题解决了
但是我在安装VASP5.4.1时按照教程上面做出现错误提示
[root@localhost vasp.5.4.1]# make all
mkdir build/std ; \
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdir: 无法创建目录"build/std": 文件已存在
make[1]: 进入目录“/home/duyang/桌面/vasp INS/vasp.5.4.1/build/std”
rsync -ru ../../src/lib .
cp makefile.include lib
make -C lib
make[2]: 进入目录“/home/duyang/桌面/vasp INS/vasp.5.4.1/build/std/lib”
mpif90 -O1 -free -names lowercase -c -o preclib.o preclib.f90
gfortran: 错误：lowercase：没有那个文件或目录
gfortran: 错误：unrecognized command line option ‘-names’
make[2]: *** [preclib.o] 错误 1
make[2]: 离开目录“/home/duyang/桌面/vasp INS/vasp.5.4.1/build/std/lib”
make[1]: *** [lib] 错误 2
make[1]: 离开目录“/home/duyang/桌面/vasp INS/vasp.5.4.1/build/std”
make: *** [std] 错误 2
[root@localhost vasp.5.4.1]#
真正很想学习学习这个能否帮忙下
杜杨

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-18 10:32
补充一下我的系统是centOS 7.0 然后我在安装openmpi的时候版本不支持我安装的openmpi-3.0.1就这些不同
我不用把所有的文件都检查一边吧

多谢多谢

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-18 16:25

du19880425 发表于 2018-4-18 02:27
你好多谢，刚用这个系统，前面的问题解决了
但是我在安装VASP5.4.1时按照教程上面做出现错误提示
[root ...

不好意思啊，你的这个我也不懂，我也就会按照楼主的方法装上。

1 如果你对Linux懂得多的话，弄几天估计也能编译出来;
2 要么就原原本本按照楼主的方法，一会儿就编译成功了;
3 或者花钱找人远程给你安装。

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-18 19:39

bomsaude 发表于 2018-4-18 16:25
不好意思啊，你的这个我也不懂，我也就会按照楼主的方法装上。

1 如果你对Linux懂得多的话，弄几天估 ...

好了我忍不住从新弄了下这次成功了多谢

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-4-19 16:44

du19880425 发表于 2018-4-18 19:39
好了我忍不住从新弄了下这次成功了多谢

请问您是用Centos 7安装的吗？

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-23 09:35

1130240115 发表于 2018-4-19 16:44
请问您是用Centos 7安装的吗？

不是，还是按照楼主说的老老实实的了

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-4-23 11:09
确实，得按照楼主说的去做。其中，发现第一步最容易出错，得安装libgcc，glibc，libstdc++，这三个库直接yum install就可以了。而且，这些还要安装32位库，我参考的是这网址https://www.ggdoc.com/Y2VudG9zIH ... iMTllOGI5ZjZiYTY10/ 安的32位库

作者
Author: youyno 时间: 2018-4-23 17:00

1130240115 发表于 2018-4-23 11:09
确实，得按照楼主说的去做。其中，发现第一步最容易出错，得安装libgcc，glibc，libstdc++，这三个库直接yu ...

这些库在装系统的时候就应该装上的

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-4-23 17:11
是的，老师，这些都很常用。但我在网上看的教程装的系统，网上教程没提到，装了好久才找到原因。

作者
Author: svdn 时间: 2018-4-26 21:04
本帖最后由 svdn 于 2018-4-26 22:07 编辑

xylz6188 发表于 2017-10-30 13:02
楼主您好。我在安装intel编译器时出现了一点困惑。您说在选择license时，以license文件进行验证，在需要输 ...

请问有没有可以用的yum源，系统缺少libstdc++ glibc libgcc ，可是yum无法检索资源库

作者
Author: bomsaude 时间: 2018-4-27 00:12

svdn 发表于 2018-4-26 13:04
请问有没有可以用的yum源，系统缺少libstdc++ glibc libgcc ，可是yum无法检索资源库

root下，安装libstdc++.i686, glibc.i686, libgcc.i686和gcc-c++试试看，最后一个是否必须不清楚。

作者
Author: svdn 时间: 2018-4-27 11:14
本帖最后由 svdn 于 2018-4-27 15:45 编辑

bomsaude 发表于 2018-4-27 00:12
root下，安装libstdc++.i686, glibc.i686, libgcc.i686和gcc-c++试试看，最后一个是否必须不清楚。

你好，我使用的ubuntu18.04，通过apt下载 libstdc++6，glibc-doc，libgcc-6-dev-ppc64-cross，以及gcc，不知道这些不同版本对安装有什么影响，在intel l编译时accept后

Do you agree to be bound by the terms and conditions of this license agreement?
Type "accept" to continue or "decline" to back to the previous menu: accept
./install.sh: 行 516: 11672 段错误 (核心已转储) $pset_engine_binary --tmp-dir=$user_tmp --log-file=$log_file $silent_params $duplicate_params $params --PACKAGE_DIR=$fullpath

请问会是什么原因？

作者
Author: du19880425 时间: 2018-4-28 09:23

svdn 发表于 2018-4-27 11:14
你好，我使用的ubuntu18.04，通过apt下载 libstdc++6，glibc-doc，libgcc-6-dev-ppc64-cross，以及gcc， ...

这个就是说在安装文件.sh的时候哪里发生了错误，其实你也不知到文件和系统怎么个关系，所以还是按照楼主说的用CentOS6操作系统安装吧

作者
Author: 只爱烧酒 时间: 2018-5-5 18:55
啊啊啊，楼主还在吗？按照教程一步一步走，在编译“fftw”的时候，configure遇到了“could not find mpi library for --enable-mpi”，这个不是个例，网上也有人在反馈用楼主的方法遇到相同的问题，上一步openmpi安装没问题的，which mpif90也正常。如果不开启enable mpi，编译fftw就没有问题。。

作者
Author: 只爱烧酒 时间: 2018-5-5 19:05
....

shared libraries... yes
checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so
checking how to hardcode library paths into programs... immediate
checking whether stripping libraries is possible... yes
checking if libtool supports shared libraries... yes
checking whether to build shared libraries... no
checking whether to build static libraries... yes
checking for ocamlbuild... no
checking for mpicc... mpicc
checking for MPI_Init... no
checking for MPI_Init in -lmpi... no
checking for MPI_Init in -lmpich... no
configure: error: could not find mpi library for --enable-mpi

作者
Author: Shiguoqiang 时间: 2018-5-14 21:52

1130240115 发表于 2018-4-23 11:09
确实，得按照楼主说的去做。其中，发现第一步最容易出错，得安装libgcc，glibc，libstdc++，这三个库直接yu ...

您好，请问libgcc，glibc，libstdc++这三个库要怎么安装，谢谢！

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-5-14 23:57
直接yum install就可以；至于32位库可以看这个链接：Linux安装32位库：https://www.ggdoc.com/Y2VudG9zIH ... iMTllOGI5ZjZiYTY10/

作者
Author: 1130240115 时间: 2018-5-14 23:59

Shiguoqiang 发表于 2018-5-14 21:52
您好，请问libgcc，glibc，libstdc++这三个库要怎么安装，谢谢！

直接yum install就可以；至于32位库可以看这个链接：Linux安装32位库：https://www.ggdoc.com/Y2VudG9zIH ... iMTllOGI5ZjZiYTY10/

作者
Author: 斯巴达·狗子 时间: 2018-5-18 10:31
如果各位的linux主机无法上网（譬如俺学校要登陆web认证，我始终没解决这个问题。），可以把在Centos官网下载的 CentOS-6.6-x86_64-bin-DVD2 这个镜像制作成本地yum源（网上很多教程，还请善用搜索工具。）这样安装32位（ix86）的库很容易，也不会出错。
感谢楼主的分享，谢谢您。

作者
Author: Shiguoqiang 时间: 2018-5-21 15:17

1130240115 发表于 2018-5-14 23:59
直接yum install就可以；至于32位库可以看这个链接：Linux安装32位库：https://www.ggdoc.com/Y2VudG9zIH ...

谢谢您的回复！

作者
Author: Shiguoqiang 时间: 2018-5-25 22:01

小书童发表于 2016-12-13 09:54
哦哦，果然我理解错了，多谢楼主耐心解答

您好，请问这个VTST时直接修改参数就可以了吗，还是要再进行make all 呀，谢谢！

作者
Author: flying 时间: 2018-5-26 19:16
谢谢分享，已经按照教程安装好了

作者
Author: susm08 时间: 2018-7-12 11:44
楼主好！请问楼主在intel编译器和MKL的安装这一步需要输入的zwt.lic文件的路径应该去哪里找呀？(我在/mnt/hgfs/Linux_sharefolder/l_ccompxe_2011.6.233文件夹下看到有一个名为license的文件，于是就输入了这个路径尝试，但系统始终显示The license is not valid for this product) 跪谢楼主！

作者
Author: youyno 时间: 2018-7-12 14:54

susm08 发表于 2018-7-12 11:44
楼主好！请问楼主在intel编译器和MKL的安装这一步需要输入的zwt.lic文件的路径应该去哪里找呀？(我在/mnt/h ...

发的百度网盘链接里面有

作者
Author: susm08 时间: 2018-7-12 15:12

youyno 发表于 2018-7-12 14:54
发的百度网盘链接里面有

找到啦，跪谢楼主赐教！

作者
Author: susm08 时间: 2018-7-12 22:09
楼主好！我在安装libstdc++，glibc，libgcc三个32位库时按照跟帖中提示的这个网址https://www.ggdoc.com/Y2VudG9zIH ... iMTllOGI5ZjZiYTY10/中的教程使用iso镜像文件挂载经常在安装的过程中出现如下的错误：xulrunner-17.0.10-1.el6.centos.i686 : failure : Packages/xulrunner-17.0.10-1.el6.centos.i686.rpm Base : [Errno 256] No more mirrors to try 不知楼主知道这个错误应该怎么解决或是还知道什么安装三个32位库的方法的么？

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