计算化学公社

标题: 求助lammps中关于配位数和角分布函数（ADF）计算的问题 [打印本页]

作者
Author: haitaier 时间: 2024-1-18 19:39
标题: 求助lammps中关于配位数和角分布函数（ADF）计算的问题
第一个问题：我在计算ADF时看了网上的一些教程和lammps的手册，其中这里的两个参数，原子的内径和外径。
没太明白是什么意思，查了一下暂时没发现有用内外径来描述原子半径的这种说法，只看到共价半径、离子半径等。想知道这个参数值表示什么意思，以及需要从哪里找对应原子的这两个参数？

第二个问题：在文献中看到计算配位数的时候有这个表格，详细列出了不同配位（3、4、5、6、7）的原子在体系中的占比，这是怎么做到的，用lammps可以实现吗？我目前用的是compute rdf命令，然后用rdf的数据转化积分得到平均配位数，不知道该怎么得到这种占比的信息。

求各位大佬、老师解答或者指一条明路，万分感谢。

作者
Author: 759884279 时间: 2024-4-23 15:25
你好，请问你的问题解决了吗？

作者
Author: haitaier 时间: 2024-5-8 22:12

759884279 发表于 2024-4-23 15:25
你好，请问你的问题解决了吗？

无，查的资料里面都没有提到关于这个的事情。我在想是不是要从RDF的结果（RDF第一个峰表内径，第一个谷表外径）里来描述内外径，但是不确定，也不敢乱下结论。

作者
Author: 759884279 时间: 2024-5-9 11:18

haitaier 发表于 2024-5-8 22:12
无，查的资料里面都没有提到关于这个的事情。我在想是不是要从RDF的结果（RDF第一个峰表内径，第一个谷表 ...

配位数可以参考版主sob老师发布的关于VMD计算配位数的方法，想再咨询一下你是否解决了ADF角分布函数的计算方法呢？

作者
Author: haitaier 时间: 2024-5-13 11:34

759884279 发表于 2024-5-9 11:18
配位数可以参考版主sob老师发布的关于VMD计算配位数的方法，想再咨询一下你是否解决了ADF角分布函数的计 ...

ADF还是不知道该怎么计算

作者
Author: 水三斤 时间: 2025-3-22 21:55
您好，请问第二个问题如果解决了的话，可以透露一下吗

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-3-23 14:36

水三斤发表于 2025-3-22 21:55
您好，请问第二个问题如果解决了的话，可以透露一下吗

compute coord4 4 coord/atom cutoff 5 group water
fix ave4 4 ave/chunk 1 ${step1} ${step1} ave c_coord4 file coord_4.txt
这个是我计算type 4类型原子周围5埃(5埃来自RDF的截断半径)中水分子的数目。我觉得第二个问题可以通过这种命令，将水分子换为你想计算的123456...，然后整合后再根据数量去计算百分比。但是截断半径要如何取，这个可能还是要从一些期刊里面寻找依据。目前这个是我的一些想法，如果有更好的办法希望不吝赐教

作者
Author: Dimoo_Liu 时间: 2025-7-10 15:24
我是做材料模拟的，可以通过i.s.a.a.c.s这个软件统计静态结构的adf，但是没办法对轨迹文件进行处理

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