计算化学公社

标题: 给大家代算（不收费） [打印本页]

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-19 08:39
标题: 给大家代算（不收费）

大家好，

前段时间组装了一台AMD9654单路服务器，我使用的软件有CASTEP、CP2K。
我计算的任务不多，大部分时间机器是空闲着的。
可以为大家代算（不收费）。
如有需要可以回复。

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-20 11:21
您好我的目的是优化带有MOF结构的体系，然后附件上传Gaussian的输入文件，您看看可以实现代算么

作者
Author: Weldingspock 时间: 2024-1-20 11:39
冒昧问一下，没有VASP是吗

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-20 11:47
吸附体系有MOF结构还有其他的分子，可以代算么

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-20 12:18

Weldingspock 发表于 2024-1-20 11:39
冒昧问一下，没有VASP是吗

没有vasp，这个软件需要购买使用授权。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-21 15:04

李小豆发表于 2024-1-20 11:21
您好我的目的是优化带有MOF结构的体系，然后附件上传Gaussian的输入文件，您看看可以实现代算么

我这儿没有高斯软件，这个软件我没有使用授权。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-21 15:07

李小豆发表于 2024-1-20 11:21
您好我的目的是优化带有MOF结构的体系，然后附件上传Gaussian的输入文件，您看看可以实现代算么

或者你换成CP2K来算，把输入文件重新发给我吧，我来帮你算。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-21 15:16

Weldingspock 发表于 2024-1-20 11:39
冒昧问一下，没有VASP是吗

或者你换成CP2K来算。

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-1-22 15:53
可以帮我算一下这个第一性动力学嘛，我的服务器算的比较慢，我想看一下自洽场的收敛情况，谢谢你

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-22 23:47

1764360701 发表于 2024-1-22 15:53
可以帮我算一下这个第一性动力学嘛，我的服务器算的比较慢，我想看一下自洽场的收敛情况，谢谢你

明天上午到实验室给你算，有问题再联系你。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-22 23:49

李小豆发表于 2024-1-20 11:47
吸附体系有MOF结构还有其他的分子，可以代算么

制作好cp2k的输入文件，回复给我吧。

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-1-23 08:58

lwang2016 发表于 2024-1-22 23:47
明天上午到实验室给你算，有问题再联系你。

谢谢

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-23 16:43

1764360701 发表于 2024-1-23 08:58
谢谢

从上午约8点钟开始，一直到现在快5点还在进行中。等任务结束，把结果发给你。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-24 08:46

lwang2016 发表于 2024-1-23 16:43
从上午约8点钟开始，一直到现在快5点还在进行中。等任务结束，把结果发给你。

(, 下载次数 Times of downloads: 16)

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-1-24 10:37

lwang2016 发表于 2024-1-24 08:46

可以把其他的文件也发给我看一下吗，谢谢

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-24 13:49

1764360701 发表于 2024-1-24 10:37
可以把其他的文件也发给我看一下吗，谢谢

文件太大了，给个邮箱。把结果文件全部发给你。

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-1-24 14:59

lwang2016 发表于 2024-1-24 13:49
文件太大了，给个邮箱。把结果文件全部发给你。

1764360701@qq.com

作者
Author: abdoman 时间: 2024-1-24 17:27
能否帮忙挖个矿？:)

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-1-25 08:52
楼主，我有几何优化任务要用cp2k计算，目前有闲置空间帮忙代算吗？附件如下，如果可以的话非常感谢
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-25 17:40

abdoman 发表于 2024-1-24 17:27
能否帮忙挖个矿？:)

这个不懂呀

作者
Author: LiuSX 时间: 2024-1-26 05:22
还有这种好事？

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-26 10:14

LiuSX 发表于 2024-1-26 05:22
还有这种好事？

发inp输入文件来吧

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-1-26 15:48
楼主抱歉，我之前给的文件忘记选择smearing了，这可能导致计算速度非常慢。这次我修改了，并且减少了迭代次数，问下还能帮忙算吗？附件如下
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-26 17:10

Staceyanny 发表于 2024-1-26 15:48
楼主抱歉，我之前给的文件忘记选择smearing了，这可能导致计算速度非常慢。这次我修改了，并且减少了迭代次 ...

也就是用这个输入文件进行计算吧？

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-26 17:15

Staceyanny 发表于 2024-1-26 15:48
楼主抱歉，我之前给的文件忘记选择smearing了，这可能导致计算速度非常慢。这次我修改了，并且减少了迭代次 ...

好的，用这个文件提交计算了。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-1-26 18:51

lwang2016 发表于 2024-1-26 17:10
也就是用这个输入文件进行计算吧？

对的，就是这个，非常感谢！！！

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-27 09:11

Staceyanny 发表于 2024-1-26 18:51
对的，就是这个，非常感谢！！！

看一下结果，有没有问题。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-1-27 11:21

lwang2016 发表于 2024-1-27 09:11
看一下结果，有没有问题。

谢谢，我看了结果，没收敛

，楼主你能把xyz文件发我吗？我想拿最后一帧的坐标换进去接着跑

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-27 11:36

1764360701 发表于 2024-1-24 10:37
可以把其他的文件也发给我看一下吗，谢谢

波函数文件有点大。
给个邮箱我发给你。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-27 16:16

Staceyanny 发表于 2024-1-27 11:21
谢谢，我看了结果，没收敛，楼主你能把xyz文件发我吗？我想拿最后一帧的坐标换进去接着跑

轨迹文件发给你。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-27 16:19

Staceyanny 发表于 2024-1-27 11:21
谢谢，我看了结果，没收敛，楼主你能把xyz文件发我吗？我想拿最后一帧的坐标换进去接着跑

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-30 14:39
单胞里有252个原子的晶体的能带和DOS你们能用CASTEP算不，立方晶系，里面有4d原子（）

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-30 15:52

脉冲星射线暴发表于 2024-1-30 14:39
单胞里有252个原子的晶体的能带和DOS你们能用CASTEP算不，立方晶系，里面有4d原子（）

输入文件发来吧

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-30 16:53
本帖最后由脉冲星射线暴于 2024-1-30 16:56 编辑

lwang2016 发表于 2024-1-30 15:52
输入文件发来吧

cif和CASTEP的输入文件（用ms2019生成的，不知道能不能跑起来）
这个可能不太好算，算不出来也没事，总之多谢）

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-30 22:49

脉冲星射线暴发表于 2024-1-30 16:53
cif和CASTEP的输入文件（用ms2019生成的，不知道能不能跑起来）
这个可能不太好算，算不出来也没事，总 ...

明天抽空去实验室给你算一下吧

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-30 22:50

脉冲星射线暴发表于 2024-1-30 16:53
cif和CASTEP的输入文件（用ms2019生成的，不知道能不能跑起来）
这个可能不太好算，算不出来也没事，总 ...

有.cell和.param文件应该就能算起来。

明天有问题的话，再与你联系。

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-30 22:54

lwang2016 发表于 2024-1-30 22:50
有.cell和.param文件应该就能算起来。

明天有问题的话，再与你联系。

非常感谢

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-31 13:56

脉冲星射线暴发表于 2024-1-30 22:54
非常感谢

刚刚看了你的任务，是共有3个任务？
我先提交了Zn6Ru任务，已经在运行。
有问题再联系你。

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-31 14:41
本帖最后由脉冲星射线暴于 2024-1-31 15:01 编辑

lwang2016 发表于 2024-1-31 13:56
刚刚看了你的任务，是共有3个任务？
我先提交了Zn6Ru任务，已经在运行。
有问题再联系你。

嗯，是的，因为MS生成输入文件的时候勾选了费米面和DOS还有布居数，所以出了3个任务

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-31 15:09

脉冲星射线暴发表于 2024-1-31 14:41
嗯，是的，因为MS生成输入文件的时候勾选了费米面和DOS还有布居数，所以出了3个任务

单点能计算已经完成

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-31 16:25

脉冲星射线暴发表于 2024-1-31 14:41
嗯，是的，因为MS生成输入文件的时候勾选了费米面和DOS还有布居数，所以出了3个任务

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-1-31 17:28

lwang2016 发表于 2024-1-31 16:25

好的，可以的话所有数据算完请发到我邮箱吧，chlwei@outlook.com，非常感谢，辛苦楼主了

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-1-31 19:19

脉冲星射线暴发表于 2024-1-31 17:28
好的，可以的话所有数据算完请发到我邮箱吧，chlwei@outlook.com，非常感谢，辛苦楼主了

ok
明天把所有数据都发给你。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-1 12:18

lwang2016 发表于 2024-1-24 08:46

3个任务加起来所有文件有9个GB

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-2-1 19:32
本帖最后由脉冲星射线暴于 2024-2-1 19:35 编辑

lwang2016 发表于 2024-2-1 12:18
3个任务加起来所有文件有9个GB

好的(#ﾟДﾟ)
毕竟晶格太大了……电子邮件感觉发不过来啊，实在不行的话用毒盘也可以，给个分享链接我下载一下就好

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-2 14:00

脉冲星射线暴发表于 2024-2-1 19:32
好的(#ﾟДﾟ)
毕竟晶格太大了……电子邮件感觉发不过来啊，实在不行的话用毒盘也可以，给 ...

具体要哪些文件？
好像.check文件稍大

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-2-2 15:49

lwang2016 发表于 2024-2-2 14:00
具体要哪些文件？
好像.check文件稍大

能带和DOS的数据就行，这样的话应该就不需要那么大了，拿到数据后图我可以自己画

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-2 15:54

脉冲星射线暴发表于 2024-2-2 15:49
能带和DOS的数据就行，这样的话应该就不需要那么大了，拿到数据后图我可以自己画

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-2-2 16:01
本帖最后由脉冲星射线暴于 2024-2-2 16:08 编辑

lwang2016 发表于 2024-2-2 15:54

可以提供下Zn6Ru_BandStr.castep_bin和Zn6Ru_DOS.castep_bin吗

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-2 16:08

脉冲星射线暴发表于 2024-2-2 16:01
可以提供下Zn6Ru_BandStr.castep_bin和Zn6Ru_DOS.castep_bin吗

发到了chlwei@outlook.com
请查收。

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-2-2 16:09

lwang2016 发表于 2024-2-2 16:08
发到了
请查收。

已收到，非常感谢

作者
Author: 脉冲星射线暴 时间: 2024-2-2 17:10
本帖最后由脉冲星射线暴于 2024-2-2 17:12 编辑

lwang2016 发表于 2024-2-2 16:08
发到了
请查收。

老师您好：
很抱歉又打扰你们，但是我们这边在读取数据的时候遇到了一些问题

：
我们这边的Materials Studio打不开castep_bin数据文件，只能读取它自己的文件格式xsd的数据，用Notepad++和记事本读出来的也都是如图所示的乱码。请问可否提供一下数据的文本文件？例如csv之类的文件，这样的话我们可以用Origin画图。谢谢！

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-2-14 10:41
您好，可以帮忙算一下，画拉曼光谱的振动输入文件吗？

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-17 09:00

不会扣篮的后卫发表于 2024-2-14 10:41
您好，可以帮忙算一下，画拉曼光谱的振动输入文件吗？

这几天出差了，等我到学校后第一时间帮你算。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-2-17 12:35

lwang2016 发表于 2024-2-17 09:00
这几天出差了，等我到学校后第一时间帮你算。

谢谢老师，我不着急。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-18 11:32

不会扣篮的后卫发表于 2024-2-17 12:35
谢谢老师，我不着急。

第一次计算拉曼

计算很快大约几分钟吧。看一下结果是否正常。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2024-2-18 12:30

lwang2016 发表于 2024-2-18 11:32
第一次计算拉曼

计算很快大约几分钟吧。看一下结果是否正常。

谢谢老师！但似乎压缩包里AMS.out,AMS-VIBRATIONS-1.eig的输出数据在计算过程中被中断了。
没关系，老师。我自己去跑一下。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-18 17:25
好人不多了。

我可以帮你免费搭建单集群，以及配置好邮件通知，用户管理，以及内网穿透（本人有云服务器），这样所有人直接通过ssh就能用了。

无需每次你自己提交什么的。

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-19 11:02

wxyhgk 发表于 2024-2-18 17:25
好人不多了。

我可以帮你免费搭建单集群，以及配置好邮件通知，用户管理，以及内网穿透（本人有云服务器 ...

我这里服务器上网有点麻烦，平时都不接入外网的。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-19 15:58

lwang2016 发表于 2024-2-19 11:02
我这里服务器上网有点麻烦，平时都不接入外网的。

不是自己的服务器吗？为什么不接入外网？

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-19 16:53

wxyhgk 发表于 2024-2-19 15:58
不是自己的服务器吗？为什么不接入外网？

实验室里都是无线网络连接。
另外用了一个无线路由器通过网线连接服务器，我平时提交任务的时候会将自己的台式机连接到无线路由器。
服务器如果连接到学校的无线网络，ip地址会经常变化，我的台式机连接不到服务器。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-19 17:18

lwang2016 发表于 2024-2-19 16:53
实验室里都是无线网络连接。
另外用了一个无线路由器通过网线连接服务器，我平时提交任务的时候会将自 ...

ip地址变化太好搞了，路由器就能直接设置 DHCP 固定 IP，还有就是只要你局域网内有一台电脑可以访问外网，都好办

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-20 13:56

wxyhgk 发表于 2024-2-19 17:18
ip地址变化太好搞了，路由器就能直接设置 DHCP 固定 IP，还有就是只要你局域网内有一台电脑可以访问外网 ...

使用我自己的路由器可以实现固定ip地址。
但是我自己的路由器无法上外网，我实验室的网络都是无线连接。

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-20 16:32
路由器上不上网无所谓，你现在的笔记本/台式机不是可以上网吗？那就够了

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-20 16:33

lwang2016 发表于 2024-2-20 13:56
使用我自己的路由器可以实现固定ip地址。
但是我自己的路由器无法上外网，我实验室的网络都是无线连接 ...

路由器上不上网无所谓，你现在的笔记本/台式机不是可以上网吗？那就够了

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-20 17:38

wxyhgk 发表于 2024-2-20 16:33
路由器上不上网无所谓，你现在的笔记本/台式机不是可以上网吗？那就够了

我自己使用的电脑平时都是无线连接学校的网络，连接到与服务器相连的路由器之后就无法上网了。

作者
Author: 方方方 时间: 2024-2-20 18:41
您好，我这里有个孤立液滴在电场中发射的lammps计算，可以计算吗

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-21 08:34

方方方发表于 2024-2-20 18:41
您好，我这里有个孤立液滴在电场中发射的lammps计算，可以计算吗

lammps我没这个程序呀，是否学术开源？

作者
Author: wxyhgk 时间: 2024-2-21 09:19

lwang2016 发表于 2024-2-20 17:38
我自己使用的电脑平时都是无线连接学校的网络，连接到与服务器相连的路由器之后就无法上网了。

这些都好办，只要你能连接到你的实验室服务器就行了

作者
Author: 方方方 时间: 2024-2-21 15:21

lwang2016 发表于 2024-2-21 08:34
lammps我没这个程序呀，是否学术开源？

LAMMPS学术开源的，直接安装就行

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-2-23 17:45
楼主，请问您还有空能帮忙算下这两个cp2k的程序吗？我只需要最后的out文件，如果可以的话非常感谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-24 16:54

Staceyanny 发表于 2024-2-23 17:45
楼主，请问您还有空能帮忙算下这两个cp2k的程序吗？我只需要最后的out文件，如果可以的话非常感谢！

耗时很短的一个任务。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-2-24 19:35

lwang2016 发表于 2024-2-24 16:54
耗时很短的一个任务。

非常感谢，我用自己的小破电脑一个就要跑三个多小时

，对了，祝楼主元宵节快乐！

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-2-24 20:03
楼主，我的电脑和学校服务器算不了k点比较大的文件，还能麻烦你帮我算下面这三个文件吗？然后我需要名字里带density和Hartree的两个cube后缀文件（一共六个），文件会比较大，可以帮忙发送到邮箱吗？1224350086@qq.com 真的非常感谢！
(, 下载次数 Times of downloads: 2) (, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-24 21:11

Staceyanny 发表于 2024-2-24 20:03
楼主，我的电脑和学校服务器算不了k点比较大的文件，还能麻烦你帮我算下面这三个文件吗？然后我需要名字里 ...

明天到学校给你算一下吧。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-2-24 21:40

lwang2016 发表于 2024-2-24 21:11
明天到学校给你算一下吧。

太感谢了！！！！

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-25 12:48

Staceyanny 发表于 2024-2-24 20:03
楼主，我的电脑和学校服务器算不了k点比较大的文件，还能麻烦你帮我算下面这三个文件吗？然后我需要名字里 ...

刚刚已经算好一个，全部计算完成后发你邮箱。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-2-25 14:49

lwang2016 发表于 2024-2-25 12:48
刚刚已经算好一个，全部计算完成后发你邮箱。

已经收到了，十分感谢！

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-2-26 09:07
可以帮我算一下这个cp2k的这个AIMD么，谢谢

作者
Author: 1764360701 时间: 2024-2-26 11:15

1764360701 发表于 2024-2-26 09:07
可以帮我算一下这个cp2k的这个AIMD么，谢谢

不用了谢谢

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-2-26 12:48

1764360701 发表于 2024-2-26 11:15
不用了谢谢

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-3-2 18:04
楼主，还有时间能算下cp2k的文件吗？拜托拜托

，需要out和cube两个文件，还是1224350086@qq.com这个邮箱，我的毕设致谢里一定会写上你
(, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-3-3 09:45

Staceyanny 发表于 2024-3-2 18:04
楼主，还有时间能算下cp2k的文件吗？拜托拜托，需要out和cube两个文件，还是这个邮箱，我的毕设致谢里 ...

马上给你算，算完后文件发到你邮箱。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-3-3 10:58

lwang2016 发表于 2024-3-3 09:45
马上给你算，算完后文件发到你邮箱。

谢谢！

作者
Author: logzzz 时间: 2024-3-4 09:56

Staceyanny 发表于 2024-3-2 18:04
楼主，还有时间能算下cp2k的文件吗？拜托拜托，需要out和cube两个文件，还是这个邮箱，我的毕设致谢里 ...

截断能有点低。F元素，~550 Ry。

作者
Author: Staceyanny 时间: 2024-3-4 15:54

logzzz 发表于 2024-3-4 09:56
截断能有点低。F元素，~550 Ry。

我其实也觉得低了，但是文献是400，而且我得复现文献的数据和图等等，所以也怕改了结果就不一样

，楼主我回复你邮件了，发的cube文件损坏了,只能麻烦你再发一下了

作者
Author: WSM2020 时间: 2024-3-22 01:00
您好，这是我用cp2k做的水滴表面的一个反应。我想得到这个反应的势垒，请问方便帮我计算吗？我的个人理解是不是需要跑Metadynamics中CV可以得到呢.我不会跑Metadynamics。附件是xyz文件

作者
Author: lwang2016 时间: 2024-3-22 10:55

WSM2020 发表于 2024-3-22 01:00
您好，这是我用cp2k做的水滴表面的一个反应。我想得到这个反应的势垒，请问方便帮我计算吗？我的个人理解是 ...

你这个我没有算过。

制作好输入文件发给我吧。

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