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标题: amber力场中哪一个算二面角的对? [打印本页]

作者
Author:
molcal    时间: 2016-10-17 00:20
标题: amber力场中哪一个算二面角的对?
本帖最后由 molcal 于 2016-10-17 00:23 编辑

谁能帮你解释一个amber力场的问题吗,
1. amber16 manual 第235页写的amber 力场二面角部分是Vn
(, 下载次数 Times of downloads: 25)
2. 而原始文献公式1: https://dx.doi.org/10.1021%2Fja00124a002
,看不到原文的,可以下载原始论文附件,写的是1/2 Vn, 这两个哪一个对?

(, 下载次数 Times of downloads: 33)


或者说amber的最终力场参数文件比如gaff力场文件parm99.dat,最终使用了哪一个公式算的?

谢谢!


作者
Author:
sobereva    时间: 2016-10-17 00:46
都对。
原文和parm99里给出的系数值相同,即前者给出的值对应原文里的V/2,后者给的就是手册式子里的V
作者
Author:
jackie    时间: 2016-10-17 12:42
现在amber一系列的力场几乎都是Vn/2来做的二面角参数




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