计算化学公社

标题: 关于统计pdb文件中的H键个数、角度、距离 [打印本页]

作者
Author: tjuchan 时间: 2014-12-9 22:49
标题: 关于统计pdb文件中的H键个数、角度、距离
最近看到不少文献都给出了H键的键长分布，键角分布什么的，给出的图1、2，非常直观，我有一个跑完MC的pdb文件，想看看我的液相溶液中的氢键的数目、角度、键长的分布情况，
我将我的MC（蒙特卡洛）结果做了径向分布(=C-H...O)，图3，我认为它有很弱的氢键作用,可以吗？还有VMD可以做到统计H键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-9 23:32
可以说有弱氢键作用。
图1、2这种统计VMD肯定能做，只不过不一定有现成的脚本，需要根据实际情况来写，写起来也比较容易。

作者
Author: tjuchan 时间: 2014-12-10 00:07
谢谢sob老师的回答。
下次发问一定注意版块。

作者
Author: tjuchan 时间: 2014-12-10 11:45

sobereva 发表于 2014-12-9 23:32
可以说有弱氢键作用。
图1、2这种统计VMD肯定能做，只不过不一定有现成的脚本，需要根据实际情况来写，写 ...

sob老师，忘记问了，有没有脚本模板的资料呢？在论坛里有吗？能推荐一下怎样去学习VMD脚本的编写吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2014-12-10 14:24
首先你得先学一下tcl的基础，VMD的脚本大多都是基于tcl的语言的：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=157&extra=page%3D1

然后看一下手册，里面有很多VMD内置命令，涉及到原子的选定、操作、查询等，这些在编写脚本中是必须要用的。以后我会专门写个帖子把所有命令总结一下。这个你可以随便参考一下，以前我随便写的笔记，没有整理过： (, 下载次数 Times of downloads: 103)

然后再看看一些脚本的例子就明白怎么写了。所有以下帖子都用到了脚本。
显示粒子运动轨迹的VMD脚本
http://sobereva.com/65
VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本
http://sobereva.com/62
计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
http://sobereva.com/54
使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力
http://sobereva.com/36
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
使VMD播放轨迹时同步显示帧号
http://sobereva.com/13
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197
使VMD读入Gromacs产生的trr轨迹中速度信息的方法
http://sobereva.com/117
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177

另外，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里专门有一节“VMD分析脚本的编写”，里面由浅入深极为全面讲了tcl分析脚本的编写，并给出了好几十个面向不同问题的例子。学一遍之后就能顺利入门并且结合需要编出自己的脚本，这是最好、最快的上手VMD脚本编写的方式，比自己找零七八碎的资料学效率和效果好太多了。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-6-8 19:39

sobereva 发表于 2014-12-10 14:24
首先你得先学一下tcl的基础，VMD的脚本都是基于tcl的语言的：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewth ...

sob老师，我想统计一段轨迹里C-F....F键的数量，如果把判断依据设置为F...F的距离d<3.5埃，请问VMD能否通过写tcl脚本实现呢？如果可以的话，我该用什么语句来统计d<3.5埃的C-F....F键呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-6-9 17:25

ljh123 发表于 2025-6-8 19:39
sob老师，我想统计一段轨迹里C-F....F键的数量，如果把判断依据设置为F...F的距离d

没有现成的选择语句
先循环所有的F，如果确定这个F是与碳相连的，再循环其它F根据距离判断是否与之接触，是的话就累加变量+1

另外，不存在“C-F...F键”这种概念，没有这种键。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-6-10 12:00

sobereva 发表于 2025-6-9 17:25
没有现成的选择语句
先循环所有的F，如果确定这个F是与碳相连的，再循环其它F根据距离判断是否与之接触 ...

不好意思sob老师，表达的随意了。是C-F...F-C氟氟相互作用

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