计算化学公社

标题: 关于吸附体系不同基组算出吸附能结果相差较大的问题 [打印本页]

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-19 14:16
标题: 关于吸附体系不同基组算出吸附能结果相差较大的问题
各位老师，本人刚入计算化学不久，我想请教一下，在算存在空位的吡啶片段吸附有机物的吸附能时，为什么我换基组用m062x/def2tzvp高精度算单点能会和原来的吸附能结果相差这么大，这数值是正常的吗，因为结果已为正，所以这里就没用bsse矫正了。另外，这种物理吸附也是用Eads=EAB-EA-EB计算吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-1-19 15:16
你的PFOS可能算错了，或者数据读取错误，建议检查一下

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-19 15:29

zjxitcc 发表于 2024-1-19 15:16
你的PFOS可能算错了，或者数据读取错误，建议检查一下

重新看了下数据应该是对的

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 20:05
对比时，不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能，一个用SMD算相互作用能，完全没可比性，前者都没考虑溶剂的非极性效应的影响

“结果已为正，所以这里就没用bsse矫正了” 完全没逻辑。只要当前基组研究当前问题的BSSE问题不可忽略，你对精度又有要求，都必须考虑BSSE问题

若不用Eads=EAB-EA-EB你还打算怎么算？

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-19 23:26

sobereva 发表于 2024-1-19 20:05
对比时，不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能，一个用SMD算相互作用能，完全没 ...

因为如果加上bsse矫正的话正值更大了，所以怀疑数据可能有问题就没进一步计算了

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-19 23:29

sobereva 发表于 2024-1-19 20:05
对比时，不要同时改变两种影响结果的因素
哪能一个用IEFPCM算相互作用能，一个用SMD算相互作用能，完全没 ...

老师，您这说对比时，不要同时改变两种影响结果的因素的意思是说都用smd进行比较是吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-20 06:49

RgH 发表于 2024-1-19 23:29
老师，您这说对比时，不要同时改变两种影响结果的因素的意思是说都用smd进行比较是吗

是

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-20 06:50

RgH 发表于 2024-1-19 23:26
因为如果加上bsse矫正的话正值更大了，所以怀疑数据可能有问题就没进一步计算了

先拿电子能量求差说事，算出来为正一定是计算方式不当
由于结合过程熵显著减小，除非焓变足够负，否则温度不很低的情况下结合导致自由能增加是极其正常的事

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-20 08:51
本帖最后由 RgH 于 2024-1-20 09:15 编辑

sobereva 发表于 2024-1-20 06:50
先拿电子能量求差说事，算出来为正一定是计算方式不当
由于结合过程熵显著减小，除非焓变足够负，否则温 ...

请问老师，这样的计算方式的不当的话那又该如何进行计算呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-20 23:19

RgH 发表于 2024-1-20 08:51
请问老师，这样的计算方式的不当的话那又该如何进行计算呢

B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加，这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

其它隐藏的可能的不当，没具体输入输出文件别人没法判断

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-21 00:16
本帖最后由 RgH 于 2024-1-21 00:40 编辑

sobereva 发表于 2024-1-20 23:19
B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加，这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候 ...

优化的时候有加gd3bj了

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-24 09:10

sobereva 发表于 2024-1-20 23:19
B3LYP优化弱相互作用体系连D3都不加，这已经就是最明显的严重不当
仔细看
谈谈量子化学研究中什么时候 ...

老师，我又重新整理了一下数据，优化全部用的是opt freq b3lyp/6-31g(d,p) scrf=(solvent=water) em=gd3bj，然后分别用m062x/def2tzvp和b3lyp/6-311+g(d,p)在smd溶剂模型下计算了能量进行对比，m062x/def2tzvp最后计算所得吸附能为8.4777kj/mol，b3lyp/6-311+g(d,p)最后计算所得吸附能为-27.1608kj/mol，望有空的时候帮我看看输入文件是否合理

作者
Author: ahxb 时间: 2024-1-24 10:41
你用了自由能校正后的值计算吸附能，这样计算的实际上是结合自由能。双分子结合为复合物后熵减小，因此结合自由能为正也很正常。

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-24 14:16

ahxb 发表于 2024-1-24 10:41
你用了自由能校正后的值计算吸附能，这样计算的实际上是结合自由能。双分子结合为复合物后熵减小，因此结合 ...

请问那该如何计算吸附自由能

作者
Author: ahxb 时间: 2024-1-24 14:26

RgH 发表于 2024-1-24 14:16
请问那该如何计算吸附自由能

对于你研究的体系，可以把结合自由能叫做吸附自由能。

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-25 14:17

ahxb 发表于 2024-1-24 14:26
对于你研究的体系，可以把结合自由能叫做吸附自由能。

好的，谢谢

作者
Author: RgH 时间: 2024-1-29 17:19

ahxb 发表于 2024-1-24 10:41
你用了自由能校正后的值计算吸附能，这样计算的实际上是结合自由能。双分子结合为复合物后熵减小，因此结合 ...

你好，我想问下在算吸附能的时候需要加上自由能的矫正值吗，我发现如果不加自由能矫正值的话，能量直接相减后，最后所得的吸附能为负值

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