计算化学公社

标题: 关于MD过程中，相同体系重复，配体位置不同 [打印本页]

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-19 16:17
标题: 关于MD过程中，相同体系重复，配体位置不同
想请教各位老师关于配体位置的问题。我在MD模拟中，使用完全相同的体系进行MD模拟，因为配体之前经常出现跑出结合腔的情况，所以我分别1.从头处理获得md.tpr，重复从头获得6次md.tpr文件进行模拟，发现有2次配体出腔；2.使用同一个md.tpr文件，重复6次模拟过程，存在3次出腔过程。
我的问题是，为何重复中，我的配体会出现不同的情况，是因为其和结合腔的结合力弱吗？还是MD过程本身具有随机性呢？
我有什么方式可以解决这一问题呢，请各位老师指点，若有描述不清楚的地方请各位老师指出，感谢大家！

本实验使用的gromacs为2022.6

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 20:19
既有结合弱这个必然性原因（不一定是体系特征原因，也可能力场、模拟设置问题），也有MD的随机巧合性原因

参考下文的讨论
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-29 20:08

sobereva 发表于 2024-1-19 20:19
既有结合弱这个必然性原因（不一定是体系特征原因，也可能力场、模拟设置问题），也有MD的随机巧合性原因
...

老师您好，感谢您的回复。
想请教一下，如果复合体系中存在蛋白质和两个配体，想先添加一个配体到平衡，再添加另一个配体可行吗？
考虑gromacs力场不能针对配体，所以想请教一下第一个配体平衡后是否有方式再添加另一个配体。
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 03:53

liuxySDU 发表于 2024-1-29 20:08
老师您好，感谢您的回复。
想请教一下，如果复合体系中存在蛋白质和两个配体，想先添加一个配体到平衡， ...

这么做没什么明显意义

只有gromacs程序、gromacs支持的力场，没有“gromacs力场”的概念。用sobtop创建基于GAFF力场的gromacs的拓扑文件，对各种有机配体都是适用的

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-30 08:46

sobereva 发表于 2024-1-30 03:53
这么做没什么明显意义

只有gromacs程序、gromacs支持的力场，没有“gromacs力场”的概念。用sobtop创 ...

老师，感谢您的回复。
我还是有点不理解，因为gromacs支持的力场中，前面的Amber或者charmm类的力场是针对蛋白分子的，如果按照我的想法先添加一个分子至MD稳定，再添加另一个配体的话，这样针对蛋白分子的力场不就在添加第二个配体的时候针对第二个配体分子了吗？不知道我描述清楚了吗，烦请老师指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 10:26

liuxySDU 发表于 2024-1-30 08:46
老师，感谢您的回复。
我还是有点不理解，因为gromacs支持的力场中，前面的Amber或者charmm类的力场是针 ...

似乎你对力场的基本特征的理解有严重偏差
AMBER专门描述生物分子，如果有有机配体的话，都是用与之兼容的GAFF来描述配体这部分

仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2里面“AMBER和GAFF的关系”开头的那段文字

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-30 10:37

sobereva 发表于 2024-1-30 10:26
似乎你对力场的基本特征的理解有严重偏差
AMBER专门描述生物分子，如果有有机配体的话，都是用与之兼容 ...

老师，gromacs在最初是有蛋白和有机分子的分离过程。我们的模拟想要达到的效果是，先将第一个分子模拟平衡后，拿这个pdb文件作为初始的蛋白和分子坐标，在第二个配体添加时，不将第一个配体分离，使第二个配体在模拟最初，蛋白和第一配体就是接合的状态，这样可行吗？
我不知道我说清楚了吗老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-30 10:51

liuxySDU 发表于 2024-1-30 10:37
老师，gromacs在最初是有蛋白和有机分子的分离过程。我们的模拟想要达到的效果是，先将第一个分子模拟平 ...

如果你有明确目的、能解释清楚这样做的意义，从计算角度上可以

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-30 21:09

sobereva 发表于 2024-1-30 10:51
如果你有明确目的、能解释清楚这样做的意义，从计算角度上可以

感谢您的指点，是湿实验给我们的想法
那我在第二个配体结合的时候，就不用将第一个配体分离了吗？直接将Amber力场应用就可以吗，就第一次的复合体按照蛋白，再加第二个配体，这样操作可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-31 01:44

liuxySDU 发表于 2024-1-30 21:09
感谢您的指点，是湿实验给我们的想法
那我在第二个配体结合的时候，就不用将第一个配体分离了吗？直接将 ...

之前明确说了，配体部分该用的是GAFF力场

考虑第二个配体结合时干嘛非要把第一个配体分离？难道二者的结合是选择性的、只能同时结合一个？

作者
Author: liuxySDU 时间: 2024-1-31 14:54

sobereva 发表于 2024-1-31 01:44
之前明确说了，配体部分该用的是GAFF力场

考虑第二个配体结合时干嘛非要把第一个配体分离？难道二者的 ...

谢谢老师回复
那我在第一个配体完成模拟后，这里再应用gromacs上的Amber力场，使用的pdb文件是含有第一个配体的啊（正常的gromacs力场不是只针对蛋白质吗），这里该如何处理呢（gmx pdb2gmx -f protein.pdb -ignh -o complex.gro -nochargegrp ）就是命令的这一步。
我没明白您说的第一个配体不分离，是我在这一步命令的时候，直接将第一次模拟后的pdb文件作为protein.pdb文件输入吗。

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