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标题: gromas tip4p 水模型计算报错 [打印本页]

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2024-1-19 16:56
标题: gromas tip4p 水模型计算报错
本帖最后由 lqhenwunai 于 2024-1-19 17:13 编辑

大家好

我正在学习gromacs 2020，尝试用tip4p跑216个水分子的动力学计算

我用软件自带的tip4p.gro作用输入文件，然后运行
gmx pdb2gmx -f tip4p.gro
之后在交互界面中选择15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top

之后运行
gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest
报错说
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080)
                     does not match topology (topol.top,864)

我想这应该是我没有正确指定tip4p中的虚原子。请问应该怎么修改相关文件呢？

谢谢大家。

以下是自带的TIP4P.gro 看起来一切正常。
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K
  864
1SOL    OW 1 1.736 0.839 0.257 -0.0525 -0.0128  0.1333
1SOL HW1 2 1.777 0.781 0.322  0.3406  0.5030  0.3534
1SOL HW2 3 1.643 0.831 0.274  0.0528  0.2742  0.9186
1SOL    MW 4 1.730 0.831 0.267  0.3505  0.3106  0.0246
2SOL    OW 5 1.602 0.771 1.252  0.7281 -0.0881 -0.1012
2SOL HW1 6 1.557 0.838 1.303 -1.2543  0.2688 -2.1750
2SOL HW2 7 1.690 0.807 1.238  0.9846  0.2670  2.0398
2SOL    MW 8 1.608 0.784 1.256  0.6107 -0.0439 -0.6354

以下是生成的conf.gro。似乎变成了TIP5P?
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K
1080
1HO4    OW 1 1.736 0.839 0.257
1HO4 HW1 2 1.777 0.781 0.322
1HO4 HW2 3 1.643 0.831 0.274
1HO4    M 4 1.736 0.839 0.257
1HO4    MW 5 1.730 0.831 0.267
2HO4    OW 6 1.602 0.771 1.252
2HO4 HW1 7 1.557 0.838 1.303
2HO4 HW2 8 1.690 0.807 1.238
2HO4    M 9 1.602 0.771 1.252
2HO4    MW 10 1.608 0.784 1.256

以下是我的top文件：
topol.top:
; Include forcefield parameters
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"

; Include water topology
#include "oplsaa.ff/tip4p.itp"

#ifdef POSRES_WATER
; Position restraint for each water oxygen
[ position_restraints ]
;  i funct    fcx       fcy       fcz
1 1    1000    1000    1000
#endif

; Include topology for ions
#include "oplsaa.ff/ions.itp"

[ system ]
; Name
216 TIP4P Water Molecules Equilibrated for 20 ps at 300 K

[ molecules ]
; Compound       #mols
SOL             216

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 19:54
别乱用pdb2gmx，当前根本不需要牵扯pdb2gmx

直接手动编辑top文件，include TIP4P的itp，[molecules]里写SOL 216，grompp时结合自带的tip4p.gro就完了

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