计算化学公社

标题: 求助-如何自动替换原子？ [打印本页]

作者
Author: York 时间: 2024-1-19 19:51
标题: 求助-如何自动替换原子？
各位老师好，对于下面的分子，我想对里面的碳原子进行两两的N替换，三三的N替换，四四的N替换，把所有替换情况后的分子都自动全排列输出，请问有相关的软件可以实现吗？手动弄实在太费劲，新人小白，还希望各位老师指点一下，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-19 20:19
自己写程序/脚本实现，参考下文
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://sobereva.com/440（http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html）

作者
Author: wzkchem5 时间: 2024-1-19 20:43
（1）把你的分子结构存成xyz、gjf等格式，用记事本打开，把所有16个碳、氮原子对应的行都挪到最前面
（2）随便用某个脚本语言，按以下伪代码写一个脚本

for i=1,...,16
for j=i+1,...,16
把你的结构文件拷一份
把拷的这一份的分子结构信息部分里，第i行和第j行的C替换为N
end
end

复制代码

例如用bash写循环体结构，用sed实现替换，就行。当然用python等语言也能写
（3）批量提交计算即可。
以上批量把两个C替换成N。不难举一反三把三个、四个C替换成N

作者
Author: York 时间: 2024-1-19 20:47

sobereva 发表于 2024-1-19 20:19
自己写程序/脚本实现，参考下文
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://s ...

好的，谢谢老师

作者
Author: York 时间: 2024-1-19 20:49

wzkchem5 发表于 2024-1-19 20:43
（1）把你的分子结构存成xyz、gjf等格式，用记事本打开，把所有16个碳、氮原子对应的行都挪到最前面
（2） ...

好的，谢谢老师

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