计算化学公社

标题: 求助Gaussian优化不收敛的原因 [打印本页]

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-20 11:04
标题: 求助Gaussian优化不收敛的原因
请各位大神帮忙看一下我的体系为什么总是显示不收敛的原因，下面贴出输入与输出文件
计算环境为 Linux系统下的Gaussian

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-20 17:00
首先说体系吧
你算的是三个小分子之间的弱相互作用？  如果是，那么先把三个小分子的结构分别优化好。
从结构上来看，请确认下图蓝圈所示的 O 原子是否是 OH 忘记添加 H 了？

(, 下载次数 Times of downloads: 28)

另外，三个分子之间的相对位置也太随意了吧……  如果是分子间的相互作用，盲猜可能是 pi-pi 相互作用？如果是，那至少用把苯环或者杂化堆叠放置。你的模型完全不相关……

(, 下载次数 Times of downloads: 34)

在说一下输入文件里的计算参数
#p opt B3LYP/genecp

如前所示，盲猜你是想算三个小分子之间的弱相互作用，那么至少要加上 em=GD3BJ 吧，否则 B3LYP 对弱相互作用的计算效果很差。请看下面的博文
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)

从你的结果文件看，你用的是 Gaussian09 D01版，已经能支持  em=GD3BJ 了。

另外，建议优化的时候第一步算一下力常数 opt(calcfc)，积分格点精度也提高 int=ultrafine，最后再做一下频率分析，确保优化后没有虚频。

对于基组，建议用更好的 def2SVP 替代 6-31G(d,p)，也不用你再麻烦对 Fe 写赝势基组。

总结起来，输入文件里的计算参数

#p B3LPY/def2SVP em=GD3BJ opt(calcfc, maxcyc=200) int=ultrafine freq

复制代码

如果还有其余的我没发现的问题，欢迎讨论补充。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-20 22:48
注意搞清楚算的是什么环境
边缘的羧基画成COO不可能对应真空环境，如果是诸如算水环境中去质子化的羧基，不仅要带溶剂模型，体系净电荷也得注意恰当设置

注意把此文看了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

当前体系更适合用PBE0-D3(BJ)
当前体系稳定波函数大概率也不是闭壳层。拿不准就做一下波函数稳定性测试。

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-21 10:49

乐平发表于 2024-1-20 17:00
首先说体系吧
你算的是三个小分子之间的弱相互作用？如果是，那么先把三个小分子的结构分别优化好。
从 ...

感谢您的回复
关于您说的加H结构的问题，左边的是MOF结构，应该就是不加H的，右边的是O负离子与N正离子共同组成一个分子，结构本身应该是没有问题的。
您说的空间位置确实是摆放的很随意了，会结合您说的计算参数，一并调整输入文件，再次尝试，非常感谢！

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-21 10:56

sobereva 发表于 2024-1-20 22:48
注意搞清楚算的是什么环境
边缘的羧基画成COO不可能对应真空环境，如果是诸如算水环境中去质子化的羧基， ...

边缘的COO 是参考了文献上的MOF结构
附件图片上为MOF结构

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-21 10:58

sobereva 发表于 2024-1-20 22:48
注意搞清楚算的是什么环境
边缘的羧基画成COO不可能对应真空环境，如果是诸如算水环境中去质子化的羧基， ...

还想请问一下对于我这个体系 gaussian 是完全可以算得么还是需要用cp2k或者vasp呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-21 14:52
本帖最后由乐平于 2024-1-21 15:04 编辑

李小豆发表于 2024-1-21 10:56
边缘的COO 是参考了文献上的MOF结构
附件图片上为MOF结构

MOF……
那是周期性结构，你用 Gaussian 算的只是单个分子，完全不是一个东西……

周期性结构要用 VASP, CP2K, CASTEP, Quantum Espresso 之类的第一性原理计算软件来算

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-21 14:53

李小豆发表于 2024-1-21 10:49
感谢您的回复
关于您说的加H结构的问题，左边的是MOF结构，应该就是不加H的，右边的是O负离子与N正离子 ...

首先，你左右不分？

其次，“O负离子与N正离子共同组成一个分子”？那怎么距离那么远……

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-21 14:55

乐平发表于 2024-1-21 14:52
MOF……
那是周期性结构，你用 Gaussian 算的只是当个分子，完全不是一个东西……

我用MS已经都优化好了，但是最终目的是想在multiwfn里面计算化学见和弱相互作用，但是MS和multiwfn又不互通这个怎么办，其他的我都不太会了

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-21 15:04

李小豆发表于 2024-1-21 14:55
我用MS已经都优化好了，但是最终目的是想在multiwfn里面计算化学见和弱相互作用，但是MS和multiwfn又不互 ...

在 M$ 里怎么优化的？单个分子优化？按周期性结构优化？

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-21 15:22

乐平发表于 2024-1-21 15:04
在 M$ 里怎么优化的？单个分子优化？按周期性结构优化？

周期性结构切割出来的单个分子，然后优化

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-21 15:38

李小豆发表于 2024-1-21 15:22
周期性结构切割出来的单个分子，然后优化

你在 MS 里也是用单个分子优化的？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 02:39

李小豆发表于 2024-1-21 14:55
我用MS已经都优化好了，但是最终目的是想在multiwfn里面计算化学见和弱相互作用，但是MS和multiwfn又不互 ...

CP2K算个单点得到波函数文件然后给Multiwfn分析就完了

仔细看
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-23 19:06

sobereva 发表于 2024-1-22 02:39
CP2K算个单点得到波函数文件然后给Multiwfn分析就完了

仔细看

好的谢谢sob老师

作者
Author: wz2403 时间: 2024-1-23 23:06
也来学习学习~~~

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-24 11:42

sobereva 发表于 2024-1-22 02:39
CP2K算个单点得到波函数文件然后给Multiwfn分析就完了

仔细看

sob老师好，还想问一下，MS优化好的结构是可以在cp2k里面打开的么

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 03:56

李小豆发表于 2024-1-24 11:42
sob老师好，还想问一下，MS优化好的结构是可以在cp2k里面打开的么

CP2K不是可视化程序，没有什么“打开”一说
M$导出常见的格式，诸如cif，然后Multiwfn载入cif文件就能按下文创建CP2K输入文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-25 14:07

sobereva 发表于 2024-1-25 03:56
CP2K不是可视化程序，没有什么“打开”一说
M$导出常见的格式，诸如cif，然后Multiwfn载入cif文件就能按 ...

好的谢谢sob老师，我这就试一下！

作者
Author: 乐平 时间: 2024-1-25 15:51
本帖最后由乐平于 2024-1-27 10:16 编辑

李小豆发表于 2024-1-24 11:42
sob老师好，还想问一下，MS优化好的结构是可以在cp2k里面打开的么

你还没回复我前面的问题……

你在 MS 里是优化的周期性的结构？还是如你说的把周期性结构切成单个分子优化？

如果是从周期性结构切出来的单个分子，显然你的结构有问题，O 都是悬挂键，不饱和，你后面做的都是错的。继续做没有任何意义。

作者
Author: 李小豆 时间: 2024-1-26 13:42
本帖最后由李小豆于 2024-2-21 23:01 编辑

乐平发表于 2024-1-25 15:51
你还没回复我前面的问题……

你在 MS 里是优化的周期性的结构？还是如你说的把周期性结构切成当分子 ...

老师，不好意思，没有及时回复您。我这几天在思考您的问题然后阅读了文献，发现之前的结构确实有很多问题，最近调整了我的结构，并重新在MS里进行了优化，现在贴出来新的，您看一下

作者
Author: xl1244 时间: 2024-2-29 12:49
出来学习学习

作者
Author: xl1244 时间: 2024-3-1 14:08
进来学习学习

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)