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标题: 求助基于gaff力场做不同萃取剂比例的环己烷-乙酸乙酯体系模拟，规律和文献相反 [打印本页]

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Author: Persist加油 时间: 2024-1-20 11:19
标题: 求助基于gaff力场做不同萃取剂比例的环己烷-乙酸乙酯体系模拟，规律和文献相反
各位老师好，我用gromacs软件（GAFF力场）做了不同萃取剂比例（1,3二甲基咪唑六氟磷酸盐[MMIM][PF6]）在环己烷-乙酸乙酯体系的RDF,SDF等动力学模拟，发现萃取剂浓度越高，阴、阳离子与乙酸乙酯的rdf峰值越低，但是阴、阳离子与环己烷的rdf峰值是随浓度增加而增加，sdf也是一样的结果（正常情况下应该是萃取剂的量越多，rdf峰值越高），我查阅大量文献发现其他人的规律与我相反，找了很多原因无果，现在请各位老师帮我看一下是否是力场参数设置错误（力场文件和输入文件在附件中），下图是我做的阳离子分别于与环己烷和乙酸乙酯的RDF结果，请各位老师帮忙看看

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Author: sobereva 时间: 2024-1-20 22:53
看清楚板块再发贴！当前明显是分子模拟的问题，不要发到量子化学版块！这次给你移动了，下次删帖扣分处理

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “gaff力场参数设置” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

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Author: Persist加油 时间: 2024-1-22 08:36

sobereva 发表于 2024-1-20 22:53
看清楚板块再发贴！当前明显是分子模拟的问题，不要发到量子化学版块！这次给你移动了，下次删帖扣分处理
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抱歉老师，下次一定注意，能麻烦您看看这个问题吗

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