计算化学公社

标题: 求助：lammps中npt控压出现空洞怎么解决 [打印本页]
作者
Author: 海鸥    时间: 2024-1-20 15:09
标题: 求助：lammps中npt控压出现空洞怎么解决
老师，您好，我想请教lammps中npt控压的问题：在z方向控压 (XYZ周期性）

超算：发现在z方向上下区域出现空洞；盒子尺寸变化很大，但是又没有原子占据空洞；实际有原子的地方也差不多是100埃
自己服务器：没有空洞出现；z方向控压后大概尺寸就是100A左右

为什么上下会出现大块的空白区域，而且不同的机器算出的结果差别这么大呢；用的核数都一样，版本也一样？

variable real_to_metal_pressure equal 1.01325
variable 1atm equal 1*${real_to_metal_pressure}
fix system_equilib_NPT all npt temp 300 300 ${Tdamp} z ${1atm} ${1atm} ${Pdamp}

以下是超算计算时的NPT thermo前几步输出
Step Temp Press PotEng KinEng E_mol Volume Pxx Pyy Pzz Cella Cellb Cellc Time
       0            0     61626.15   -2419.0585            0            0    391253.36    60422.756    60415.201    64040.493      62.0727      61.9014     101.8256            0
    1000    130.03121    27666.208    -3924.538    394.11054            0    476329.24    24389.355    24297.037    34312.233      62.0727      61.9014    123.96701            1
    2000    286.59962    9333.9375   -3732.1756    868.65245            0     535226.3    10792.765    10845.897    6363.1509      62.0727      61.9014    139.29526            2
    3000    300.78383    2118.2305   -3789.9253    911.64326            0    530768.29    3586.8574    3609.3869   -841.55297      62.0727      61.9014    138.13504            3
    4000    300.89315    2992.7989   -3642.2974     911.9746            0    532089.73    4593.7421    4392.2806   -7.6258447      62.0727      61.9014    138.47895            4
    5000    302.02904    3326.6846   -3640.3237    915.41737            0    534390.93    4978.2988    4898.4429    103.31204      62.0727      61.9014    139.07785            5
    6000     300.1728     3279.861    -3627.224    909.79131            0    533144.44    4967.2358     4930.984   -58.636756      62.0727      61.9014    138.75345            6
    7000    300.32754    3045.0433   -3617.4019    910.26031            0    531529.26    4451.8724    4644.9433    38.314196      62.0727      61.9014    138.33309            7
    8000    299.72408    2742.0097   -3586.5615    908.43127            0     530089.2    4345.9727    4127.1183   -247.06194      62.0727      61.9014     137.9583            8
    9000     302.1134    2763.0994   -3534.2241    915.67305            0    528745.54    4080.1935    4142.0241    67.080567      62.0727      61.9014    137.60861            9

自己服务器：
Step Temp Press PotEng KinEng E_mol Volume Pxx Pyy Pzz Cella Cellb Cellc Time
       0            0    68.381848   -7286.0662            0            0    391253.36    1081.6371    1082.1941   -1958.6856      62.0727      61.9014     101.8256            0
    1000     46.38566    664.97317   -6229.4888     140.3381            0    383973.64     1003.931    923.73762    67.250913      62.0727      61.9014    99.931017            1
    2000    231.39172    2558.6413   -5628.9314    700.06708            0     389550.6    3663.0484    3245.0229    767.85254      62.0727      61.9014    101.38245            2
    3000    298.45001    2586.8962   -5262.8952    902.94945            0    390930.97    3761.8528    3649.6166    349.21915      62.0727      61.9014    101.74169            3
    4000     301.5494    2204.5574   -5234.4474    912.32655            0    390517.92    3282.8634    3379.5343   -48.725598      62.0727      61.9014     101.6342            4
    5000    299.91266     2256.215   -5249.6517    907.37465            0    388738.24    3061.7296    3482.6288     224.2865      62.0727      61.9014    101.17103            5
    6000    298.67872    1563.1398   -5242.7005     903.6414            0    387111.43    2386.7622    2408.9768   -106.31968      62.0727      61.9014    100.74764            6
    7000    299.95377    1117.4061   -5197.1854    907.49901            0    385860.06    1762.0368    1778.0278   -187.84617      62.0727      61.9014    100.42197            7
    8000    299.79184     1126.174    -5192.465     907.0091            0    385192.35    1642.9661    1742.3777   -6.8218114      62.0727      61.9014    100.24819            8
    9000     300.4554    1255.1435    -5181.548    909.01668            0    385013.51    1649.1776     1722.017    394.23593      62.0727      61.9014    100.20165            9

超算结构信息：

[attach]83138[/attach]
自己服务器
(, 下载次数 Times of downloads: 19)









作者
Author: caoyanhui    时间: 2024-5-8 10:09
这个你解决了吗
作者
Author: herui    时间: 2024-10-17 19:59
同问，楼上怎么解决出现空洞问题




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3