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标题: 求助：gromacs计算中gromos54A7力场中锂离子参数如何添加 [打印本页]

作者
Author: m669 时间: 2024-1-21 10:58
标题: 求助：gromacs计算中gromos54A7力场中锂离子参数如何添加
各位大佬们好。想请教一下如何查找到可以应用于gromos54A7力场中的锂离子的相关参数并添加到ffnonbonded.itp中。因为刚开始做此类方面的计算，不是很了解ffnonbond文件中各参数的意义，如其中的c6和c12.在一些文献中也找到了一些LJ势的相关参数sigma和epsilon不知道这两个参数是否与c6和c12有什么对应关系。最后，请问opls-AA中的sigma和epsilon是否可以直接通过转化变成c6和c12
添加入gromos54A7力场当中。希望各位老师可以百忙之中予以解答，感激不尽。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 03:04
若无特殊原因，没必要非得用54A7。诸如GROMACS自带的AMBER力场目录下的ions.itp里直接就有锂离子的定义。

不同力场的[atomtypes]里定义的东西不同，我在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里详细讲了

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作者
Author: m669 时间: 2024-1-22 13:16
谢谢老师的回答。使用gromos54A7的原因主要是使用的其他离子，阴离子为FSI，其中的S-F键使用MKtop生成拓扑文件时无法生成，因为初学不清楚怎么查找和添加该残基的信息，而只有使用ATB网站生成的拓扑文件及力场存在相应的信息。

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