计算化学公社

标题: 求助：VASP计算结果导入Multiwfn做静电势表面分析的时候极值点过多 [打印本页]

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 10:48
标题: 求助：VASP计算结果导入Multiwfn做静电势表面分析的时候极值点过多
以CO2为例，VASP计算中打开了LCHARG，LAECHG，LVTOT，输出了LOCPOT，CHGCAR, AECCAR0, AECCAR1, AECCAR2。
首先用了Vtst工具，将VASP输出的CHGCAR以及LOCPOT转为.cube文件，其余处理过程严格参考Multiwfn使用手册 4.12 章节中的“Trick: Perform ESP analysis on molecular surface solely based on cube files”内容。首先根据提示输入了.cube文件，根据手册知道，最终输出了template.cub文件，根据提示输入template.cub进行分析，但是输出的分析文件和图中，极大值和极小值的点极多，和使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)这个帖子中的图相差很大，无法基于输出的大量的静电势极大值和极小值对某一个原子的静电势贡献进行分析，请问是否需要另外做一些调整或者设置才能得到帖子中的类似结果。

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 10:50
这是应用选项11，输出的每个原子对应的局部分子表面上的静电势统计数据

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 15:07
更新：已解决，LOCPOT直接用Multiwfn内置功能装换为.cub，再进行EPS分析。

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 15:39
更新：换一个结构，构建了一个气相分子结构，打开LVTOT输出LOCPOT，Multiwfn内置生成.cub,12---1 Select the way to define surface, current: Electron density, iso: 0.00100---1 Isosurface of electron density---Input the isovalue for defining the isosurface, e.g. 0.5: 0.001---2 Select mapped function, current: User-defined function---1 Electrostatic potential (ESP) ---0 Start analysis now. 会出现极值点极大的情况。

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 15:42
更新：生成CHGCAR,Multiwfn内置功能转换为CHGCAR.cub,根据“Trick: Perform ESP analysis on molecular surface solely based on cube files”直到生成Template.cub，“The template cube file has been outputted to template.cub in current folder Now input the name of the cube file representing mapped function, e.g. C:\t.cub. The grid setting in this cube file must be exactly identical to the template cube file”，发现这句提示可能应该输入的是CHGCAR.cub(始终不确定是输入CHGCAR.cub还是template.cub)，输入后进行处理，又出现了极值点非常多的情况

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 16:02
更新：为了对比，换回CO2的结构，LOCPOT和CHGCAR分别用Multiwfn内置功能转换为.cub,根据“Trick: Perform ESP analysis on molecular surface solely based on cube files”直到生成Template.cub，“The template cube file has been outputted to template.cub in current folder Now input the name of the cube file representing mapped function, e.g. C:\t.cub. The grid setting in this cube file must be exactly identical to the template cube file”，分别尝试输入LOCPOT.cub,CHGCAR.cub以及这两个文件对应输出的template.cub，输入后进行处理，发现差别在于初始读入的是LOCPOT.cub/CHGCAR.cub，目前不太清楚极值点数量差别大的原因，打算再测试一下VASP只开LVTOT不开LVHAR的影响。根据VASP wiki，这个参数只影响exchange-correlation potential的贡献，不清楚是不是这里会影响最后的EPS图。

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 16:13

EdithE 发表于 2024-1-22 15:07
更新：已解决，LOCPOT直接用Multiwfn内置功能装换为.cub，再进行EPS分析。

复现不了了

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-22 16:54
更新：LOCPOT和CHGCAR分别用Multiwfn内置功能转换为.cub,根据“Trick: Perform ESP analysis on molecular surface solely based on cube files”首先输入CHGCAR.cub, 直到生成Template.cub，“The template cube file has been outputted to template.cub in current folder Now input the name of the cube file representing mapped function, e.g. C:\t.cub. The grid setting in this cube file must be exactly identical to the template cube file”，此时输入LOCPOT.cub，得到结果如下，极大值和极小值均为较大负值

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 22:52
分子体系何故用VASP，无意义的折腾

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。看你盖楼累死了

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-23 09:34

sobereva 发表于 2024-1-22 22:52
分子体系何故用VASP，无意义的折腾

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通 ...

谢谢sobereva老师的回复。用VASP是因为 1.目前计算基本不涉及小分子，计算主要用VASP，无Gaussian使用经历 2.这次必须要计算分子体系，是因为参考的方法需要计算晶胞内每个分子单独(只能气相分子)的静电势分布极值大小。第一次发帖，准备参考发帖必读之类的指南，但是论坛跳转页面从昨天到今天经常会error502提示源站异常

，直接搜索点进去也会error502源站异常，看运气正常跳转，仿照了收藏的其他帖子的title，没有注意到更新规则，下次会注意。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 19:48

EdithE 发表于 2024-1-23 09:34
谢谢sobereva老师的回复。用VASP是因为 1.目前计算基本不涉及小分子，计算主要用VASP，无Gaussian使用经 ...

你折腾的功夫用Gaussian早就算完了得到波函数文件fch了。如果是用熟了VASP那种程序的用户，用Gaussian算这个简直是傻瓜式的。就算没有Gaussian也可以用免费的量子化学程序ORCA，产生的molden文件也可以给Multiwfn做这种分析，都有现成的输入文件创建工具：
详谈Multiwfn产生ORCA量子化学程序的输入文件的功能
http://sobereva.com/490（http://bbs.keinsci.com/thread-13560-1-1.html）
而且还有演示视频，其中也体现了得到molden文件的过程：
基于ORCA量子化学程序对分子做优化、振动分析、观看红外光谱、观看轨道的简单演示
https://www.bilibili.com/video/av59599938

作者
Author: EdithE 时间: 2024-1-23 20:55

sobereva 发表于 2024-1-23 19:48
你折腾的功夫用Gaussian早就算完了得到波函数文件fch了。如果是用熟了VASP那种程序的用户，用Gaussian算 ...

好的，谢谢sobereva老师的建议，这就去看看

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