计算化学公社

标题: 在gromacs中如何模拟金属离子与蛋白的配位作用呢？ [打印本页]

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-1-22 10:53
标题: 在gromacs中如何模拟金属离子与蛋白的配位作用呢？
诸位大佬，在gromacs中如何模拟金属离子（例如2价铜离子）与蛋白的配位作用呢？

最近实验发现Cu2+与(VPGVGVPGVGVPGVGFGAILSS)10中的丝氨酸（S）存在配位作用，可以稳定蛋白的beta结构。我想用gromacs模拟蛋白的MD观察配位稳定蛋白结构的分子机制，但是如果使用charmm36或者amber只是单纯的引入2价Cu，而没有办法看Cu与丝氨酸的配位作用？

之前看到过论坛中MPCB.py可以构建金属离子和蛋白配位的力场参数，但是仔细研究发现都是固定好配置位置的，但是目标蛋白(VPGVGVPGVGVPGVGFGAILSS)10是高度可重复的，所以这时候我就不知道怎么办了。

各位大佬有没有相关的教程或者文章推荐下？我查询到2价Znic与蛋白的配位可以通过修改与Zinc配位的氨基酸力场参数，我目前没有找到Cu的，所以特意来论坛里，寻求大家帮助，或者如果表征2价Cu与丝氨酸的配位稳定蛋白的beta结构也可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 22:53
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “金属离子与蛋白的配位效应” 改了，以后务必注意！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 22:56
尝试用J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 289−297里的Cu2+的参数

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-1-23 18:43
本帖最后由 dayu8278 于 2024-1-23 18:49 编辑

sobereva 发表于 2024-1-22 22:56
尝试用J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 289−297里的Cu2+的参数

首先非常感谢sob老师的指点。

下午我一直在看这篇文献，这篇文献通过在Amber力场中的LJ势能加入1/r4势能项（12-6-4势能）从而引入了离子诱导偶极势能，来模拟离子的配位效应。

其中，1/r4势能项需要计算离子与周围粒子的势能才需要的。这里我想请教下老师，请问如何在Charmm中引入全新的势能形式呢（1/r4势能）？我知道在nnffbonded.itp里可以修改每种粒子的势能参数，但是都是对于常规LJ12-6势能来说的，但是12-6-4势能我就不知道怎么办了，真心求教？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 19:42

dayu8278 发表于 2024-1-23 18:43
首先非常感谢sob老师的指点。

下午我一直在看这篇文献，这篇文献通过在Amber力场中的LJ势能加入1/r4 ...

GROMACS不支持12-6-4，只能用12-6形式。非要用前者的话需要用AMBER程序（以前GROMACS还支持列表势，可以间接用12-6-4，新版本也没了）

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-1-23 20:07

sobereva 发表于 2024-1-23 19:42
GROMACS不支持12-6-4，只能用12-6形式。非要用前者的话需要用AMBER程序（以前GROMACS还支持列表势，可以 ...

谢谢sob老师的回复，我最近在用phbuilder模拟蛋白在不同pH条件下的动力学，这个软件调用的是gmx, 2021-beta1版本，请问这个版本还支持12-6-4的table吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 23:31

dayu8278 发表于 2024-1-23 20:07
谢谢sob老师的回复，我最近在用phbuilder模拟蛋白在不同pH条件下的动力学，这个软件调用的是gmx, 2021-be ...

gromacs始终不支持12-6-4
列表势从2020开始不再支持

作者
Author: dayu8278 时间: 2024-1-24 09:01

sobereva 发表于 2024-1-23 23:31
gromacs始终不支持12-6-4
列表势从2020开始不再支持

谢谢Sob老师的指点

作者
Author: marklee 时间: 2024-6-17 16:25
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-7-12 16:56

marklee 发表于 2024-6-17 16:25
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.9b00407

作者
Author: youknowdcf 时间: 2024-7-12 16:56

marklee 发表于 2024-6-17 16:25
请问楼主可不可以分享一下修改锌离子相关参数的文章

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsomega.0c01337

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)