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标题: MS构建amorphous cell时，如何确保所建结构中包含氢键 [打印本页]

作者
Author: luoshaotian 时间: 2024-1-22 13:42
标题: MS构建amorphous cell时，如何确保所建结构中包含氢键
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如图所示，假设水杨酸与三聚氰胺通过氢键连接。在建立amorphous cell的过程中，我手动将距离限制在3.5A以内，假使它形成了如图所示的氢键。之后通过ms的amorphous cell tool将它构建为amorphous结构。但在几何优化过程中，N O之间的距离被改变，使之大于4A，理论上不存在氢键。想请问，我如何才能确保氢键确实存在呢？这种建模方式是否正确？

作者
Author: chenzhe 时间: 2024-1-23 10:57
氢键是靠后续分子动力学稳定后统计的，就算你这样加进去，分子动力学一算也不是这样，完全没必要。直接单组分放进去就是了

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