计算化学公社

标题: gromacs对油/二氧化硅进行em后，二氧化硅压缩 [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2024-1-22 14:54
标题: gromacs对油/二氧化硅进行em后，二氧化硅压缩
本帖最后由 Jus 于 2024-1-22 14:58 编辑

大家好，我参考Sobtop (sobereva.com)中例6，用sobtop生成二氧化硅的itp，进行能量最小化后二氧化硅压缩了，求助各位如何解决该问题，谢谢大家

作者
Author: slxc920113 时间: 2024-1-22 17:29
本帖最后由 slxc920113 于 2024-1-22 17:37 编辑

因为原来的SiO2是三维周期性的，你要搭建界面模型，需要先删除一个维度的周期性，预留出真空层，并且将悬挂的O用H原子饱和。
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

作者
Author: Jus 时间: 2024-1-22 18:27
本帖最后由 Jus 于 2024-1-22 18:30 编辑

slxc920113 发表于 2024-1-22 17:29
因为原来的SiO2是三维周期性的，你要搭建界面模型，需要先删除一个维度的周期性，预留出真空层，并且将悬挂 ...

谢谢你大佬，这样做确实不会被压缩了。
但我有一个疑问，之前在别的文献里看到过表面羟基化二氧化硅，也是在表面加H，按照这个做法处理二氧化硅是不是算羟基化二氧化硅了
如果算的化，那普通二氧化硅怎么做才能不压缩呢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)