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标题: amber进行非标准RNA模拟时如何进行参数化 [打印本页]

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三木橙    时间: 2024-1-22 15:56
标题: amber进行非标准RNA模拟时如何进行参数化
我是因为分子动力学的初学者,目前研究的方向主要是模拟siRNA与AGO2蛋白的结合。目前使用的软件是amber,在模拟过程中通常siRNA的核苷酸需要进行化学修饰为非标准核苷酸,因此不能直接使用amber自带的力场进行模拟,查阅文献发现有两种思路1、使用文献中给出的相关参数;2、使用高斯或amber自带的antechamber计算电荷进行模拟。第一个方法目前文献中经常使用的非标准rna力场网站好像已经无法访问了,于是使用第二个方法。寻找到一个教程

https://biomtc.gitee.io/amber-md ... AE%8B%E5%9F%BA.html

该教程是计算非标准氨基酸的教程,根据这个方法,成功运行了添加二位甲氧修饰的RNA模拟。目前的问题是,使用该教程方法得到的模拟结果有多大可信度?如果整条rna都是非标准核苷酸,所有残基都用该方法进行计算,结果会不会特别不可靠?



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喵星大佬    时间: 2024-1-22 16:45
amber里不是自带了100多种天然修饰的RNA嘛
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Huschein    时间: 2024-1-22 19:21
一两个还行,如果全都是这样的肯定不行,肯定要专门拟合的
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三木橙    时间: 2024-1-23 09:05
喵星大佬 发表于 2024-1-22 16:45
amber里不是自带了100多种天然修饰的RNA嘛

啊 是那个all_modrna08.lib文件吗 第一次发现这个 谢谢~
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三木橙    时间: 2024-1-23 09:07
Huschein 发表于 2024-1-22 19:21
一两个还行,如果全都是这样的肯定不行,肯定要专门拟合的

好的 那我再找找探究问题里最常用的几个修饰的力场




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