计算化学公社

标题: 使用IRI方法图形化未正确显示配位键 [打印本页]

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-22 16:44
标题: 使用IRI方法图形化未正确显示配位键
各位老师，我参照http://sobereva.com/598 处理了自己的金属Cu配位分子，使用的是orca_freq.molden，但是并未得到教程中所示的配位键，请问可能是什么原因呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 16:59
谁也不知道你说的orca_freq.molden是什么东西。仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

各个颜色对应什么元素说清楚，并且标注清楚哪里没显示出来

当前格点间距太大，图太糙，仔细看此文里关于格点质量的说明
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291（http://bbs.keinsci.com/thread-1206-1-1.html）
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-22 17:46
社长，非常抱歉，molden文件太大了，我重新阐述下产生该文件的过程
我构建了一个含有金属的配合物，在pymol中显示成键

然后我利用orca进行了opt+freq计算，相关文件如下：
首先是opt.inp
! BP86 def2-SVP D4
! OPT
! CPCM(Water)

%PAL NPROCS 32 END

%scf
maxiter 350
end

* xyzfile -1 2 input.xyz

input.xyz为
97
Modified XYZ file for MCPB.py
Cu -1.07400000 -1.93300000 -2.88400000
N  4.03500000 1.28700000 6.09100000
N  3.66000000 0.50000000 7.10200000
N  0.68000000 4.50400000 0.62000000
N  -0.83200000 2.57800000 -1.04800000
N  -0.50500000 -0.19200000 -3.28100000
N  0.17400000 -2.16900000 -1.50000000
N  -1.01900000 -2.75600000 -4.61700000
N  -2.77500000 -2.41200000 -2.34200000
C  0.09500000 -1.05000000 4.46900000
C  0.54000000 -0.26600000 3.45700000
C  1.61400000 0.55300000 3.62200000
C  2.31900000 0.55700000 4.79400000
C  1.88600000 -0.27900000 5.76800000
C  0.77500000 -1.05600000 5.66900000
C  3.37000000 1.36800000 5.01100000
C  2.57100000 -0.30100000 6.97500000
C  3.79700000 2.49100000 4.10000000
C  2.83600000 3.64400000 4.01500000
C  2.48400000 4.24800000 5.15300000
C  1.74800000 5.33400000 5.08300000
C  1.16200000 5.82900000 3.91800000
C  1.52000000 5.15500000 2.76600000
C  2.32000000 4.06900000 2.84500000
C  1.02800000 5.51200000 1.52400000
C  0.29500000 3.15400000 1.11100000
C  -0.99600000 2.70500000 0.39400000
C  0.18000000 3.47900000 -1.59900000
C  0.33900000 4.73100000 -0.73800000
C  -1.55400000 1.60200000 -1.75000000
C  -1.14800000 1.28600000 -3.23800000
C  1.04600000 -0.21200000 -2.97300000
C  1.41500000 -1.55200000 -2.24400000
C  0.28000000 -1.01600000 -0.27900000
C  -0.66200000 -0.33000000 -4.83000000
C  -0.23100000 -1.67600000 -5.39800000
C  -2.58100000 -2.68600000 -4.97800000
C  -3.40300000 -2.05300000 -3.86200000
C  -2.31800000 -2.53200000 -0.75300000
C  -0.82900000 -3.13400000 -0.60600000
C  -0.42300000 -3.97800000 -5.61700000
C  -3.23800000 -3.99600000 -2.49200000
C  1.65600000 -1.00700000 0.37300000
C  0.82000000 -4.43100000 -4.98600000
C  -4.75400000 -4.01100000 -2.49800000
O  2.20500000 -0.93300000 7.93800000
O  0.71000000 6.61700000 1.21000000
O  -2.49700000 1.08900000 -1.26800000
O  2.47300000 -0.12600000 0.35000000
O  1.99400000 -2.18100000 0.89600000
O  1.94200000 -4.46900000 -5.44100000
O  0.58200000 -4.88800000 -3.69700000
O  -5.47400000 -4.51400000 -3.31400000
O  -5.27500000 -3.35200000 -1.48400000
F  0.32600000 6.85000000 3.87800000
H  -0.83800000 -1.59600000 4.27400000
H  0.00200000 -0.13400000 2.56800000
H  1.90100000 1.23500000 2.74500000
H  0.36500000 -1.62700000 6.53500000
H  4.10000000 0.62900000 7.95200000
H  4.71900000 2.98900000 4.25100000
H  4.09700000 1.90800000 3.21100000
H  2.86200000 3.90300000 6.18600000
H  1.52700000 5.74900000 6.12100000
H  2.62700000 3.50400000 1.97300000
H  1.07600000 2.36600000 0.75900000
H  -0.04800000 3.16500000 2.19700000
H  -1.12200000 1.67000000 0.78100000
H  -1.95000000 3.25900000 0.64500000
H  -0.12900000 3.89500000 -2.60600000
H  1.02500000 2.81500000 -1.65100000
H  -0.64200000 5.24100000 -0.70600000
H  1.05600000 5.44300000 -1.17000000
H  -2.05800000 1.49300000 -3.90700000
H  -0.42200000 2.11500000 -3.50500000
H  1.72500000 0.01600000 -3.77600000
H  1.28200000 0.58600000 -2.21400000
H  2.33800000 -1.45000000 -1.60200000
H  1.84000000 -2.25600000 -2.96600000
H  -0.48900000 -1.01600000 0.56000000
H  -0.00500000 -0.07100000 -0.67700000
H  -0.17400000 0.51500000 -5.32600000
H  -1.72500000 -0.21800000 -5.17800000
H  -0.49600000 -1.62600000 -6.43700000
H  0.85000000 -1.79300000 -5.30100000
H  -2.73900000 -1.98400000 -5.90500000
H  -3.05500000 -3.69200000 -5.11600000
H  -4.48000000 -2.24000000 -3.91600000
H  -3.45100000 -1.01100000 -3.94300000
H  -2.45100000 -1.56100000 -0.14800000
H  -3.15200000 -3.12200000 -0.23400000
H  -0.80800000 -4.22400000 -0.98000000
H  -0.65000000 -3.46600000 0.41900000
H  -1.15100000 -4.90600000 -5.65100000
H  -0.33100000 -3.67600000 -6.67400000
H  -3.00800000 -4.52200000 -3.42900000
H  -2.78700000 -4.63700000 -1.74500000

其次是freq文件
! BP86 def2-SVP D4
! FREQ
! CPCM(Water)
%maxcore 3000
%PAL NPROCS 30 END

%scf
maxiter 350
end

* xyzfile -1 2 input.xyz

计算后得到一堆文件，选择orca_freq.molden.out载入Mulfiwfn进行IRI计算，未显示如案例中的配位键，是我选择的文件有问题吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-22 22:45

Azrael 发表于 2024-1-22 17:46
社长，非常抱歉，molden文件太大了，我重新阐述下产生该文件的过程
我构建了一个含有金属的配合物，在pymo ...

ORCA根本就不会输出后缀为.molden.out的文件，没有叫Mulfiwfn的程序

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-23 09:06

sobereva 发表于 2024-1-22 22:45
ORCA根本就不会输出后缀为.molden.out的文件，没有叫Mulfiwfn的程序

社长对不起，是orca_freq.molden.input和Multiwfn,我没有查证就按印象打得字，以后会仔细检查错别字。。。。。。

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-23 09:32
这些是ORCA生成的一系列文件，我试了fakechk.fchk报错，试了orca_freq.gbw和orca_freq.molden.input一样的没有配位键，是我的opt+freq的方法有问题吗

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-23 13:03
继续对orca_freq.gbw进行了IBSI分析，我发现这个IBSI的值挺高的，为什么IRI或者IGMH没有显示出配位键呢

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 20:01

Azrael 发表于 2024-1-23 09:32
这些是ORCA生成的一系列文件，我试了fakechk.fchk报错，试了orca_freq.gbw和orca_freq.molden.input一样的 ...

完全不知道你说的fakechk.fchk是什么东西，不要不加描述就冒出来一个对别人陌生的名字

如果优化已经收敛了，VMD里适当调节IRI等值面数值看是否在配位键区域出现等值面

作者
Author: Azrael 时间: 2024-1-24 23:08
谢谢社长，我第一次用ORCA，也不清除freq怎么产生的fakechk.fchk，我深入学习下ORCA，再次跪谢！

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