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标题: 编译libint时出现错误 [打印本页]

作者
Author: chlorophyll 时间: 2024-1-23 14:51
标题: 编译libint时出现错误
本帖最后由 chlorophyll 于 2024-1-23 14:51 编辑

实验室linux版本为RHEL6.3，无root，完全小白，根据“给老爷机离线安装CP2K-2022.2的笔记”这条帖子进行安装编译，已成功装gcc9.3（期间还得弄了python3），但编译本体（2022.2）时不太顺利，排查发现是编译linbint时出了问题（最开始想装2023.1，但是发现不成功就换成2022.2，还是不行，才去找问题的）。

我在github上查了相关的信息，其中开发者提到：
Check if the Fortran module name has been generated in lower-case letters (libint_f.mod) and has been installed e.g. in the libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/include/ folder for CP2K.
You can also run make fortran in the build folder libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5 or just make in its subfolder fortran. That's quick and does not interfere with the library build. If needed fix the make file in the fortran folder by hand and run make until no error occurs and the Fortran module has been built successfully, then run make install again in libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5.

我看了下对应的文件夹，确实没有 libint_f.mod 这玩意，就觉得应该是Fortran出了问题，也有可能系统版本太老。现在不知道下一步该怎么解决，想请教下老师们有何对策

下面是log文件里最后报错的几行信息

/usr/bin/install -c -d -m 0755 /home/wangyt/softwares/cp2k-2022.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/share/libint/2.6.0/basis
/usr/bin/install -c -m 0644 /home/wangyt/softwares/cp2k-2022.2/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/./lib/basis/* /home/wangyt/softwares/cp2k-2022.2/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/share/libint/2.6.0/basis
(cd fortran && make) || exit 1
make[1]: Entering directory `/home/wangyt/softwares/cp2k-2022.2/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/fortran'
/home/wangyt/softwares/gcc9//gcc-9.3.0//bin/g++ -O2 -fPIC -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native -g1 -E -DHAVE_CONFIG_H -D__COMPILING_LIBINT2=1 -D__COMPILING_LIBINT2=1 -I../include -I..//include -O2 -fPIC -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native -O2 -fPIC -fno-omit-frame-pointer -fopenmp -g -march=native -mtune=native -g1 ../include/libint2.h > ../include/libint2.h.i
python c_to_f.py ../include/libint2.h.i libint2_types_f.h Libint_t
Traceback (most recent call last):
File "c_to_f.py", line 71, in <module>
f_out.write("type, bind(c) :: {}\n".format(name))
ValueError: zero length field name in format
make[1]: *** [libint2_types_f.h] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/wangyt/softwares/cp2k-2022.2/tools/toolchain/build/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-5/fortran'
make: *** [fortran] Error 1

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2024-1-23 15:33
这是个python问题，python2不支持大括号里空着的.format。

python --version

复制代码

一下看看你的机器上

python

复制代码

调起的是python2还是python3，是python2的话需要alias一下把python重定向到python3去。

作者
Author: chlorophyll 时间: 2024-1-23 16:24
本帖最后由 chlorophyll 于 2024-1-23 19:20 编辑

啊不错的飞过海发表于 2024-1-23 15:33
这是个python问题，python2不支持大括号里空着的.format。一下看看你的机器上调起的是python2还是python3， ...

非常感谢解惑！刚刚我看了下，python版本确实不是3，还是根目录下的2.6.6（之前安装gcc9.3的时候也是误打误撞才安上了python3，当时不知道怎样调用到了3

）

刚刚根据您的建议，我已经成功在bashrc里定向到了python3！

我现在再编译一次试试

顺便也贴上具体操作给以后有需要的人~（可按自身需要修改，参考自https://askubuntu.com/questions/ ... nd-execute-python-3）

vim ~/.bashrc
e #按“e”进入编辑模式
i #按“i”进行编辑
alias python=python3 #在两个#中间输入
“insert” #按键盘上的insert键退出编辑
:wq #保存并退出
source ~/.bashrc #命令生效

复制代码

作者
Author: chlorophyll 时间: 2024-1-23 19:15
本帖最后由 chlorophyll 于 2024-1-25 10:37 编辑

刚想说换了之后也不行，仔细看了下c_to_f.py文件才看到，开头就指定了2.6.6，所以还是不能编译，我把它改成python3的路径后就行了。

#!/home/wangyt/python/bin/python3 python3.9

复制代码

简单来说就是#”你的python路径中+空格+对应的9文件“

——————————分割线————————————

已成功编译toolchain，但和上面的方法略有出入，而且编译cp2k本体只能编译到ssmp，不能编译popt，还没深究具体原因，等之后有时间再把一些编译的心得补充吧。

作者
Author: 啊嘞嘞 时间: 2025-2-23 15:38

chlorophyll 发表于 2024-1-23 19:15
刚想说换了之后也不行，仔细看了下c_to_f.py文件才看到，开头就指定了2.6.6，所以还是不能编译，我把它 ...

您好，我也遇到了类似的问题，在bashrc定向到python3后，是在c_to_f.py文件里面的第一行修改为python3的路径么？
为啥我把#!/usr/bin/env python修改为#!/usr/bin/env python3 python3.6.1或#!/usr/bin/python3或#!/usr/bin/env python3过后重新编译c_to_f.py文件里面的第一行又变成了#!/usr/bin/env python，libint还是编译报错

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