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标题: 计算RDF分析两种分子随时间的聚集状态求助 [打印本页]

作者
Author: ysy3059 时间: 2024-1-23 15:52
标题: 计算RDF分析两种分子随时间的聚集状态求助
请问Forcite模块中，求二氧化碳溶解原油的过程中，初始原油是聚集状态，含有沥青质（蓝色）、烷烃（绿色）组分，会随时间被二氧化碳溶解，想用RDF曲线看沥青质和烷烃之间随时间变化的聚集状态，我是将分子定义一个集合呢（沥青质属于大分子），还是选其中的原子代替分子呢（原子应该选哪个）

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 18:45
没什么必要非得用rdf，对于大分子体系rdf的意义本来就很含糊、不好讨论
可以考察平均每个沥青质/烷烃分子附近比如2埃内CO2等其它分子的数目（只要有一个原子在2埃内就算）来讨论这类问题
我不用M$，此类问题写VMD tcl脚本分析很简单，例如北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）培训里我写的一个相关的脚本：
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