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标题: 求助，离子取代水报错No more replaceable solvent [打印本页]

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Author: zhijiu 时间: 2024-1-23 16:55
标题: 求助，离子取代水报错No more replaceable solvent
各位老师好，我构建了一个PEG+水+核酸+离子的混合溶液的盒子，其中水的体积占比是60%，按照我盒子的比例，加入的水分子为16000个，我在盒子里加入158NA+120CL，离子用水取代，但是显示“No more replaceable solvent”，但是我水分子的本身数目有16000个，为什么还会显示没有足够的溶剂取代。我之前做个乙醇+水的混合溶液，水的体积占比也为60%，这个时候水分子的数目为12000，用离子取代水分子却不会报错。然后我用packmol去构建了PEG+水+核酸+离子的混合溶液盒子作为初始结构跑模拟，这个时候却会有另一个新的问题，就是，我发现PEG和水，离子，核酸不混溶，离子在盒子的分布不均匀，我的PEG力场使用amber+antechamber生成的，读取的ff14SB+GAFF力场参数，电荷用resp拟合。DNA用的bsc1力场，水分子用的TIP3P，离子参数来自Jounga and Cheatham。为什么会有这种情况？应该如何解决？正常来说，peg的水溶性应该很好。我仿照他人文献做的结构文件和力场文件。红色的是水分子，蓝色的是peg，圆球是离子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 18:48
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：
(, 下载次数 Times of downloads: 31)

一个贴子里不要问两个不直接相关的问题，否则扰乱讨论秩序

作者
Author: zhijiu 时间: 2024-1-24 11:06

sobereva 发表于 2024-1-23 18:48
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

...

好的，谢谢老师，但是我的溶剂分子数目是离子数目的接近六十倍了，我觉得离子数目加的也不是很多，为什么还会有这种报错？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-25 03:55

zhijiu 发表于 2024-1-24 11:06
好的，谢谢老师，但是我的溶剂分子数目是离子数目的接近六十倍了，我觉得离子数目加的也不是很多，为什么 ...

你若认为插入更多是合理的，就按ppt上说的解决

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