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标题: 用CP2K做环糊精吸附药物的结构优化分析相互作用的设置求助 [打印本页]

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Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-1-23 17:59
标题: 用CP2K做环糊精吸附药物的结构优化分析相互作用的设置求助
本帖最后由红茶泡枸杞于 2024-1-23 19:01 编辑

用CP2K2022.2做环糊精吸附药物的结构优化分析相互作用，选择B3LYP，6-311G**，DFT-D3（BJ），OT算法，请问这样合适吗？如果想在GaussView中观察结构，可以实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 18:34
那叫GaussView

如果你算的是孤立体系，没必要用CP2K，几何优化收敛效率比Gaussian低得多，计算效率也没任何优势

如果模拟的是凝聚相的周期性体系，也完全没必要用昂贵的杂化泛函（看下文了解常识），PBE-D3(BJ)就够了。基组用DZVP-MOLOPT-SR-GTH。
CP2K做杂化泛函计算的关键要点和简单例子
http://sobereva.com/690（http://bbs.keinsci.com/thread-41087-1-1.html）

倘若你选6-311G**是为了在Multiwfn里做IGMH等方式考察弱相互作用比较快，基于这一点倒是可以用6-311G**，但我更推荐用专为计算周期性体系优化的pob-TZVP-rev2。

CP2K几何优化产生的xyz文件可以直接放到VMD里观看结构。如果非要用gview观看，把restart文件载入Multiwfn，主功能100的子功能2转成gjf，然后就可以用gview看优化完的结构

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-1-23 19:49

sobereva 发表于 2024-1-23 18:34
那叫GaussView

如果你算的是孤立体系，没必要用CP2K，几何优化收敛效率比Gaussian低得多，计算效率也没 ...

社长你好。我做DFT计算的目的就是做IGMH分析两片段间的弱相互作用，所以必须使用精度还行的基组，所以使用6-311g**。我之前使用的Gaussian软件来计算我的体系，目的和现在一致，当时最多只涉及到110个原子以内，经过长时间计算勉强能完成计算。但现在我的计算体系是环糊精吸附药物分子体系数量为262个原子，Gaussian已经完全算不出来了，所以想使用cp2k来计算这个孤立体系。整个体系结构优化时，对角化计算和OT计算两种计算方法都尝试过了，发现OT计算方法的速度是对角化计算速度的3倍以上，所以我们选择了OT算法。目前结果是OT算法SCF循环了500次，从最后几次循环的能量负的越来越多来看有收敛的趋势，然后查看输出文件发现4个收敛限都没有达到，计算也自动结束了。请问这种方式合理吗，针对这个情况有没有什么建议，或者您有没有什么更好的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-23 19:56

红茶泡枸杞发表于 2024-1-23 19:49
社长你好。我做DFT计算的目的就是做IGMH分析两片段间的弱相互作用，所以必须使用精度还行的基组，所以使 ...

如果你有个像样的双路服务器，262个原子用Gaussian在6-31G*下做优化完全不是难事，这个级别下IGMH分析可以得到定性合理的结果。6-311G**优化也完全算得动。如果还嫌慢，用ORCA在B97-3c下做优化速度会更快。如果你有这样的计算条件，不建议用CP2K来算。而且孤立的有机体系用Gaussian、ORCA，SCF收敛性也普遍比CP2K更好，省得你和SCF的收敛去斗争。

作者
Author: 红茶泡枸杞 时间: 2024-1-23 20:20

sobereva 发表于 2024-1-23 19:56
如果你有个像样的双路服务器，262个原子用Gaussian在6-31G*下做优化完全不是难事，这个级别下IGMH分析可 ...

感谢社长的解答。

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